问：微生物16S测序数据分析思路解读
- 答：文章摘录：
16S rRNA基因测序（也称16S rDNA测序）是最常用的菌群多样性分析的手段。对于新手，如果收到一份不讲“人话”的16S测序分析报告，很快就会被各种生态学术语、各种指数、各种分析方法弄晕。
7个问题串起16S测序的核心结果
怎么办？用你的研究逻辑来梳理16S测序数据（图1）。
简单地说，做16S测序是为了鉴定样本中的微生物（细菌）群组成，找微生物群与疾病或表谨睁贺型的相关性。
详细地说，
1）首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度（对应于菌群鉴定和α多样性分析）；
2）接着想看不同样本组间微生物群组成是否存在差异（对应于β多样性分析）；
3）如果是，那么就有必要找出引起不同组样本微生物群差异的关键菌。如果不是，那说明微生物群比如肠道菌群与疾病或表型可能并不相关（基于已有的研究，这种可能性比较小）；
4）找到了关键菌，在临床上，很自然会想到，这些（个）关键菌是否可以作为Biomarker（对祥派早态应于疾病诊断模型构建），比如用于区分糖尿病前期患者与健康组的标志物；
5）以及这些（个）菌是否与临床指标具有相关性（对应于菌群与临床指标的相关性分析）；也会进一步想到，既然不同组的微生物群落存在差异，又与疾病具有相关性，
6）那么这些菌群是如何影响宿主的，可能参与了哪些代谢途径（对应于菌群基因功能预测）；
7）这些预测到的菌群功能是否与疾病有关，通常是肯定的。最后把这些结果整合起来分析，可以初步得出菌群组成的变化是如何与疾病或表型相关的。
顺着上述7个生物学问题来看16S测序结果，你会轻松拨开迷雾，直达核心结果。
问：16Sr RNA基因扩增后的该怎么测序
- 答：这个需要利用测序仪进行测序，您可以选择测序公司给钱就行了。
测16S主要是想对混合菌群内的菌株进行分类，档薯可以选择测V3区或者V6区。
测序公司会根据您选择测的区域进行基因测序，然后将得到的序列与已经发表的微生物序列进行比对，因为V3和V6区都属于保守区段，所以能够比对上的序列就可以算作您的样品中有该种菌。
16S测序目前做的公司有华埋蠢老大基因，美吉生物弯升等，这个两家做的比较好。每个样品价格大概在3000元的样子。
您在测序之前可以联系测序公司的销售，然后询问价格，索取他们的结题报告模板进行参考，知道您能得到什么样的结果再进行选择。
问：环境微生物宏基因组测序结果如何分析？
- 答：宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种银亏群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域
对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包铅搏扮括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分槐灶析、假设验证分析、进化树分析等。
