一、林木遗传图谱的构建及应用（论文文献综述）
赵薇[1]（2021）在《杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析》文中认为杨树是我国广泛栽培的树种之一,在工业用材、生态防护和绿化环境等方面具有不可替代的作用。杨树为多年生落叶乔木,在秋季形成驻芽以应对干燥寒冷的冬季,在春天温度和水分适宜的条件下,萌芽打破休眠后开始萌发,恢复生长。芽的休眠与萌发是杨树重要的生存策略,是对环境适应的综合体现,影响着杨树的地理分布和木材材积量。目前,有关杨树驻芽和萌芽时间的遗传机制还知之甚少。本研究以美洲黑杨（Populus deltoides）和小叶杨（Populus simonii）杂交子代作为研究材料,对杨树驻芽和萌芽时间进行QTL定位分析,并挖掘相关的候选基因,深入研究杨树驻芽和萌芽时间的遗传机制。主要研究结果如下:1.以美洲黑杨和小叶杨杂交F1代的无性系为材料,建立了随机区组扦插试验林,2020～2021年测定了每棵树的驻芽和萌芽时间。基于已构建的两个亲本高密度遗传图谱,采用区间作图法、复合区间作图法以及关联分析法对驻芽和萌芽时间进行了QTL定位分析。结果显示复合区间作图法最有效,而其它两种方法收效甚微。利用复合区间作图法,在12个连锁群上定位到23个与杨树驻芽时间相关的QTL位点,其中11个QTL位于母本美洲黑杨第1、2、4、5、6、7、10、11、17和19连锁群,而其余12个QTL位于父本小叶杨第1、2、3、4、6和12连锁群;在15个连锁群上定位到26个与杨树萌芽时间相关的QTL位点,其中13个位于美洲黑杨第1、3、5、6、10、11、15和17连锁群,其余13个QTL位于小叶杨第1、2、3、4、7、8、10、14、15、18和19连锁群。2.开发了基因功能注释和富集分析软件包Gen AE,利用该软件对QTL位点附近的基因进行功能注释,以挖掘相关候选基因。该软件分为六个步骤来实现算法:（1）对较大的基因组序列文件进行分割;（2）将分割后的文件提交到蛋白质数据库进行比对;（3）合并比对结果并提取比对信息;（4）对上一步的比对结果进行功能注释;（5）提取基因组注释信息;（6）提供候选基因文件,基因组注释结果作为背景基因,进行富集分析。3.根据QTL区间内基因的功能注释,筛选杨树驻芽和萌芽时间相关的候选基因。结果挖掘到57个与杨树萌芽和驻芽时间相关的候选基因,这些基因可分为7大类。进一步对这些候选基因进行GO和KEGG富集分析,研究发现植物激素信号转导通路、植物有丝分裂原蛋白激酶信号转导通路、生长素激活信号转导通路和生长素激活信号通路在杨树芽的休眠与萌发过程中发挥了重要作用。本研究检测到了更多有关杨树驻芽和萌芽时间的QTL位点,并且筛选出了相关的候选基因,这将有助于进一步理解杨树生长及适应性的分子机理,为加速杨树的遗传改良提供重要的参考依据。
杨国[2]（2020）在《灌木柳插穗效应及重要性状的QTL定位》文中提出簸箕柳（Salix suchowensis）和三蕊柳（Salix triandra）是杨柳科小灌木,分别分布在中国的中部和北部地区,这两种灌木柳生长迅速,适应性好,平茬后再生能力强,是理想的生物质能源作物。灌木柳通常采用插穗繁殖,插穗质量是灌木柳人工林能否成功建立以及实现长期稳产的关键,因此本研究探讨了插穗尺寸与灌木柳生长和木材材性的关系,比较了不同性别的扦插苗在生长、虫害以及资源分配方面的差异。其次,本研究对灌木柳平茬后再生能力进行了评估,探讨了树桩尺寸与柳树再生能力的关系。同时进行了灌木柳的生长模型的拟合以及生物量预测模型筛选,为了解灌木柳生长规律以及产量预测提供理论参考。最后,对三蕊柳重要性状进行QTL定位和区间解析,为灌木柳生长和材性候选基因的筛选提供了依据。1、本研究使用了来自两个灌木柳全同胞家系（簸箕柳和三蕊柳）的453个子代的无性系,进行了完全随机区组设计的大田试验。扦插之前记录每个插穗的重量并对插穗编号,共种植约4000个插穗。在第一个生长季内,对灌木柳树的株高和地径进行了动态监测,在生长季节末记录灌木柳的生存状况,另外,对灌木柳侧枝、叶片等性状以及木材材性进行了测量。研究结果表明,当插穗重量增加,两种灌木柳的死亡率均会降低,株高、地径、侧枝数量以及地上部分鲜重、干重均会增加,然而,当插穗重量超过20 g时,插穗重量增加,插穗的死亡率并不会显着下降,同时株高、地径、侧枝数量以及地上部分鲜重和干重也不会显着增加。Pearson相关性分析发现在不同生长时期插穗重量均与灌木柳树生长状况呈显着正相关,生长早期表现尤其明显。然而,插穗重量对这两种灌木柳树干的基本密度和主要化学组成（即纤维素,半纤维素和木质素）均没有影响。2、通过对簸箕柳和三蕊柳两个群体的性别比、死亡率、生长性状、昆虫啃食程度以及化学防御物质含量进行了对比分析。结果显示簸箕柳群体在性别比和生存率方面存在雌性偏向,雌性个体存活率更高,而三蕊柳群体中没有差异。在这两个柳树群体中,雌性植株的生物量均高于雄性的,而且雌性植株叶片营养质量（氮含量）也高于雄性植株。不过,生长相对缓慢的雄性植株比雌性植株具有更高含量的化学防御物质（总酚）和较低的昆虫啃食率。此外,在两个柳树群体均发现柳树生物量与昆虫啃食率呈正相关,与防御物质含量呈负相关,这表明了昆虫啃食程度对柳树生长和防御资源分配会产生重大影响。这为理解雌雄异株植物的进化提供了重要的启示,同时,为短轮伐灌木柳林的插穗选择提供了参考。3、以两种灌木柳（簸箕柳和三蕊柳）为研究对象,测定其苗期15个时间点的茎段生长的动态变化,选择2种理论生长方程对株高和地径进行拟合,并根据拟合结果确定了合适的生长方程,研究发现Logistic模型是拟合簸箕柳株高、地径生长较为理想的模型,而Gompertz模型是拟合三蕊柳生长较为理想的模型。同时,以一年生灌木柳株高、地径、侧枝数量、侧枝长度、侧枝角度5个指标为输入参数,进行逐步线性回归分析,建立的两种柳树苗期生物量的最优预测模型,并利用预测模型对2种灌木柳的生物量进行预测,结果显示模型的通用性较好,从而为灌木柳生物量的快速测量提供理论依据。4、短轮伐灌木柳林砍伐后的再生能力受许多因素影响,其中,母本植株的种类和尺寸是砍伐后树桩存活或萌芽再生的重要限制因素。在本研究中,簸箕柳和三蕊柳树桩按直径分为三个等级,比较分析的不同种类和等级树桩的芽存活和再生特征（包括芽高、芽直径、芽数、叶片形态特征、叶片叶绿素含量以及地上部分干重）的差异。结果表明,两种灌木柳的树桩存活率并无差异,然而,三蕊柳的发芽再生能力要强于簸箕柳。树桩直径的增加导致两种灌木柳树桩产生的萌芽数增加,平均萌条高度和地径,叶片叶绿素含量以及萌条的生物量均会增加,然而,树桩直径对树桩存活并无影响。该项研究为短轮伐灌木柳林收获后的萌芽再生提供了重要信息。5、利用已建立的三蕊柳遗传图谱,对三蕊柳的24个表型性状（共64组数据）进行QTL定位,两种方法共同检测到542个QTL。其中472个与株高、地径和材积相关,15个与侧枝生长相关,18个与叶片特征性状相关,15个与生物量相关,20个与木材材性相关。在全部QTL位点的LOD值变化范围是3.01–10.76,所有QTL解释了10.1%–31.9%的表型变异。其中,通过对16个时间点的簸箕柳株高、地径和材积的动态QTL研究,检测到了9个QTL热点区域。对相关QTL进行区间解析,发现生长和材性相关的区间分别有298和483个基因,为进一步缩小灌木柳生长和材性候选基因的范围提供了新的线索。
吴昊[3]（2020）在《榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究》文中进行了进一步梳理“全基因”模型认为,包括林木在内的生物复杂表型受到少数直接与表型变异相联的“核心”基因控制,而大量的“边缘基因”通过受调节的基因网络发挥作用。这个模型基本类似于QTL的“全基因”模型。研究QTL的作用以遗传图谱构建为前提。榧树是浙江重要的经济树种香榧培育砧木的产种树,不仅生命周期长,且童期也长,其生长影响香榧的生长。本文以71个天然居群榧树及其自由授粉子代建立的半同胞家系为研究群体,构建了基于AFLP标记的榧树遗传图谱,并定位了苗期生长相关的QTL。研究结果可为榧树复杂性状调控基因的定位和功能解析及后续榧树系统作图打下一定的基础,深化榧树及木本植物的基础理论研究。主要研究结果如下:1.建立了基于荧光检测的毛细管电泳榧树AFLP分析体系,并用筛选出的6对引物从研究群体中获得了2816个遗传位点,其中多态位点2383个,多态位点比率为84.62%。2.基于AFLP标记分析结果,利用Linkage Map View v 2.1.2构建了两张榧树遗传图谱。榧树遗传图谱A由157个AFLP标记划分的10个连锁群（LOD=6）组成,该图谱覆盖榧树基因组1307.6 c M,各个连锁群上的标记数为3-66,平均图距8.33 c M。另一张榧树遗传图谱B则由10个连锁群（LOD=6）120个位点组成,覆盖度为784.3c M,各连锁群的位点数为3-29,平均图距为6.54 c M。3.就榧树苗期生长性状相关数量性状位点（QTL）定位,在遗传图谱A中定位了1个与1年生苗高相关的QTL,2个与2年生地径相关的QTL。在遗传图谱B中定位了2个与1年生苗高相关的QTL,8个与2年生地径相关的QTL。影响苗高生长的QTL在第2年作用有所减弱,而影响地径生长的QTL在第1年作用弱,随着苗木生长其作用逐渐显现。发现作图标记数量的增减,不仅影响图谱的构建,且影响QTL的发现。4.榧树幼苗生长头2年仅地径在半同胞间存在显着差异。半同胞子代的遗传变异主要来自家系内（70%）。亲子代群体遗传差异极显着。
董明亮[4]（2020）在《华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析》文中研究说明华北落叶松（Larix principis-rupprechtii Mayr）是我国华北地区重要的造林树种,兼具经济和生态价值。华北落叶松的育种目标是培育出生长快、材性好、抗性强的新品种。但由于其生长周期较长、遗传背景复杂、多数经济性状为数量性状,依靠传统育种方法进行新品种选育,通常效率很低。利用DNA分子标记进行遗传连锁图谱构建和QTL定位,并在此基础上开展分子标记辅助选择,可以缩短育种周期,提高育种效率。然而,由于华北落叶松缺乏基因组数据和高质量分子标记,到目前为止,尚未有关于该树种的遗传图谱构建和QTL定位的报道。本研究利用华北落叶松转录组测序数据开发多态性EST-SSR标记,并通过开展群体遗传多样性分析来验证这些标记的实用性;利用部分新开发标记对华北落叶松F1作图群体进行杂种鉴定后,采用SLAF-seq技术进行大规模SNP标记开发并构建首张华北落叶松高密度遗传图谱;利用连续两年的表型测定数据,对8个生长和针叶性状进行QTL分析。以上研究对增加华北落叶松高质量分子标记数量,解析重要数量性状遗传结构,促进分子水平上的遗传改良具有重要的理论和实践意义。主要研究结果如下:（1）基于转录组测序开发了一批落叶松属内通用的多态性EST-SSR标记。利用1300条Unigene序列成功设计SSR引物1065对,从中随机抽取的240对引物经筛选后获得多态性引物52对,再选取扩增最理想的20对多态性引物对66个华北落叶松无性系进行基因分型,共检测到77个等位位点,每个标记位点的等位基因数为2～7。此外,所有的20对引物在落叶松属其他3个物种中均能扩增出清晰而稳定的条带,有效扩增率高达100%。（2）利用新开发的EST-SSR标记分析了华北落叶松种子园66个无性系的遗传多样性。20个位点的平均等位基因数为3.85,平均多态信息含量为0.424,显示了该种子园具有中等水平的遗传多样性。66个无性系之间的遗传距离为0.012～0.585,平均值为0.317,相对较宽的遗传距离变化范围表明了66个无性系具有多样化的遗传背景。聚类分析和主坐标分析可以将66个无性系划分为3个类群,但由于这些无性系的信息资料不完整和记录混乱,无法确定分群结果是否与无性系的地理来源相关。（3）通过华北落叶松2个优良无性系的杂交试验构建了由145个子代单株组成的F1作图群体,杂种真实性鉴定后利用SLAF-seq技术在全基因组范围内大规模挖掘了SNP标记。SLAF-seq共产生1501.22 M双末端reads,大约300.20 Gb的原始数据。序列比对和聚类后,共获得6,323,943个SLAF位点。以每个SLAF位点上拷贝数最高的序列为参考序列进行SNP标记挖掘,在检测到324,352个SNP标记中,有122,785个呈现多态性,多态性比率为37.86%。最终获得6931个在亲本中平均测序深度大于10-fold、在F1群体中完整度高于75%、且符合孟德尔分离比率的有效SNP标记。（4）构建了首张华北落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱上的6099个SNP标记分属于12个连锁群,连锁群数目与落叶松及松科的其他大多数树种的单倍体染色体数目相同。图谱总长度为2415.58 c M,覆盖了华北落叶松基因组总长度的99.6%,标记间平均遗传距离为0.40 c M。最终上图的SNP标记在亲本和子代中的平均测序深度分别为65.84-和17.73-fold,在F1群体中的平均完整度高于99%。（5）根据遗传图谱信息,利用复合区间作图法对连续两年测定的8个生长和针叶性状进行了QTL定位。当LOD阈值为2.5时,共检测到36个QTLs,其中控制针叶面积的QTL有7个,控制苗高、地径和针叶宽的QTL各有5个,控制针叶长和针叶厚的QTL各有4个,控制针叶长宽比和气孔线数的QTL各有3个。这些QTLs分布在除LG7和LG10之外的10个连锁群上,每个QTL可以解释表型变异的4.2%～18.2%。两个测试年份共检测到6个QTL聚集区域,其中位于LG8连锁群上136.365～161.717 c M区域和LG9连锁群上43.453～65.422 c M区域包含较多数目控制不同性状的QTLs,且每个QTL对表型变异的贡献率均较高,将是后续研究重点关注区域。本研究基于转录组测序和SLAF-seq技术,在全基因组水平上大批量开发了高质量SSR和SNP分子标记,构建了华北落叶松第一张高密度遗传连锁图谱,并首次开展了华北落叶松生长和针叶性状的QTL分析,获得了一些控制重要表型性状的QTLs,为加速华北落叶松的遗传改良提供有力的分子工具和信息支持。
金雨晴[5]（2020）在《侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略》文中研究指明侧柏（Platycladus orientalis）具有较高的生态与经济利用价值,是我国北部、西北部干旱山地主要的造林树种之一。目前,我国侧柏育种资源的利用仍处于初级阶段,育种资源遗传背景不清,良种效益低。建立高效分子标记技术,评估现有资源遗传关系,对现有良种基地升级改造,是推动侧柏遗传改良、提高良种繁育效率的重要环节。本研究以提高侧柏种质资源管理和改良效率为目标,建立了侧柏的简化基因组测序流程和快速实用的分子标记技术;构建了侧柏第一张高密度遗传图谱;结合表型和分子标记对侧柏良种基地种子园初级育种群体的种质遗传多样性进行了分析,探究育种群体的遗传结构;结合家系间亲缘关系和亲本育种值进行回选,制定了基于分子辅助的种质保育与高阶改良利用策略。本论文取得了以下主要研究结果:（1）建立了侧柏分子标记及高效的简化基因组分析流程。通过对侧柏转录组和近缘物种刺柏的基因组序列分析,筛选出27个多态、稳定的SSR标记位点。建立了侧柏简化基因组分析流程（dd RAD）,得到45,959个高质量位点。研究表明dd RAD技术在分子标记开发和基因分型上有巨大潜力,为未来柏科及其他针叶树种基因组水平上的变异研究提供了技术指导。（2）构建了首张侧柏高密度遗传图谱。确定了包含23,926个标记位点的11个连锁群,图谱总长约1,506 c M,标记之间的平均遗传距离为0.2 c M,覆盖度99.8%。同时构建了框架标记遗传图谱,通过比较图谱间的标记排序,发现框架标记图谱与全标记图谱之间具有高度的一致性。借助遗传图谱,揭示了侧柏具有“对称核型”,并鉴定了潜在着丝粒和次缢痕区域。该遗传图谱为侧柏基因组大规模组装提供框架,对柏科基因组比较分析和深入了解种质资源的遗传背景有重要意义。（3）鉴定了侧柏基因组中显着偏分离位点及区域,推断了它们潜在的遗传学意义及功能效应。检测到3,965个偏分离标记,其中37个位点与生殖发育的生物学过程有关。通过构建含偏分离标记的遗传图谱,锚定了10个偏分离热点区域在11个连锁群的分布,并发现偏分离位点会削弱标记间的连锁强度,增大标记间的遗传距离;检测到了两种结构变异（易位和倒位）现象。此项结果对今后深入的基因组结构和功能分析有启示和参考价值。（4）澄清了侧柏良种基地初级种子园亲本群体的遗传多样性、遗传结构及亲缘关系。SSR分子标记分析显示该初级育种群体具有相对高的变异程度,种源间变异占总变异的1.25%,种源内变异能够解释大部分的变异来源。群体结构分析未发现明显的遗传结构和地理类群,这表明地域间有广泛的迁移和基因流动。有165个亲本来源可以利用分子标记进行鉴定。此项研究为侧柏种子园中亲本鉴定、交配系统分析提供了技术途径,对后续侧柏遗传资源管理、种子园升级改造等相关研究有借鉴指导。（5）结合已有的子代测定结果和优良无性系亲缘关系,初步筛选了去劣疏伐种子园的建园亲本材料,提出了侧柏高阶种子园育种体系的可持续改良方案。基于子代和亲本的综合性状表现,对侧柏初级种子园进行了不同疏伐程度的模拟设计,揭示了种子园内的遗传多样性水平受疏伐强度的影响不明显;随着疏伐强度的加大,可以有效的控制近交率,为后续良种生产和高阶育种策略调整提供了依据。本研究对开展侧柏育种资源遗传评价,指导初级种子园升级改造及侧柏高级遗传改良工作提供了技术、材料、理论支持和实践指导。
项伟波[6]（2020）在《日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析》文中研究指明日本落叶松[Larix kaempferi（Lamb.）Carr.]是松科落叶松属落叶乔木,具有适应性强,早期速生、成林快,材质坚硬、抗腐蚀等特点,是我国重要的造林和用材树种,具有巨大的生长潜力和经济价值。其生长和材性性状形成的遗传基础尚不清晰,限制了遗传改良的进程。因此,本研究以自由授粉群体为研究对象,利用简化基因组测序（GBS）技术开发日本落叶松SNP标记,联合EST-SSR标记进行连锁-连锁不平衡作图,构建日本落叶松高密度遗传连锁图谱;通过连锁-连锁不平衡分析、遗传和表观遗传效应联合分析、功能作图等方法进行生长与材性性状的QTL定位,解析相关性状形成的遗传结构和关键基因。本研究不仅有助于揭示日本落叶松生长和材性性状形成的遗传调控机制,而且为日本落叶松分子标记辅助选择育种、新品种选育和种质资源创制提供理论基础。主要研究结果和结论如下:1、日本落叶松基因组单核苷酸突变具有数量多、分布广以及在基因内存在高影响突变等特点。共鉴定出60799116个变异位点,分布在全基因组的24343条Scaffold上,平均每299 bp存在一个变异位点。主要为二等位位点（90.03%）,Ts/Tv均值为1.5,且G C突变成AT的比例显着高于其它类型突变。变异位点主要发生在基因间区（83.40%）、内含子（11.80%）和编码区上下游区域（4.12%）。91.6%的基因具有突变位点,平均每个基因包含10个SNP,其中5999个基因（13%）含有高影响变异位点,平均每个基因存在2.82个高影响变异位点,涉及终止密码子、启动子和剪切变异,以终止密码子获得突变为主。2、构建了日本落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱由12条连锁群组成,包含6022个SNP标记和75个SSR标记。其总图距为13840.46 c M,平均图距为2.36 c M,图谱覆盖率为99.78%。LD衰减分析发现在0.50～29.99 c M区域内,LD迅速衰减至0.3,但部分连锁群之间的标记仍保留较高的LD系数,推测日本落叶松具有较为悠久的群体进化历史,部分基因组区域近期受到进化因素的影响。3、日本落叶松生长和木材化学组分主要受微效多基因控制,且具有一因多效现象。连锁-连锁不平衡QTL定位共检测到87对标记与性状的显着关联对,包括与生长相关的10对（最高贡献率7.67%）和与木材化学组分相关的77对（最高贡献率9.54%）。所有性状关联位点都具有显着加性效应（效应值-2.51～1.75）,且81对（93%）具有显着显性效应,其作用强度为-2.38～4.84。87对关联对中共包含64个QTL位点,连锁-连锁不平衡作图表明这些位点均处于连锁平衡状态,具有稳定的育种潜力。4、日本落叶松生长和木材化学组分均受到表观遗传作用的影响,能够部分解释遗传力缺失现象。利用联合模型定位方法,共检测到113个QTL位点,其中4个（4%）位点兼具传统遗传效应和表观遗传效应,可解释表型变异的5.48%～12.56%。109个（96%）关联位点只具有传统遗传效应,可解释表型变异的0.004%～5.61%。相比只有传统遗传效应的位点,具备表观遗传效应的关联位点可解释表型变异更高。因此,表观遗传效应是导致遗传力缺失的重要因素。5、日本落叶松生长性状具有生长轨迹异质性,受到永久QTL（Permanent QTLs）、后期QTL（Late QTLs）和逆向QTL（Inverse QTLs）等三种类型动态QTL的遗传控制。功能作图共检测到31个控制生长性状动态过程的显着（P<0.05）QTL位点,其中12个位点与树高相关,18个位点与胸径相关,1个位点同时控制树高和胸径生长轨迹。异时性参数分析发现,当QTL与时间不存在互作时,速生期的持续时间是决定不同基因型个体是否具有生长优势的关键;而当QTL与时间存在互作时,最大生长速率的发生时间是决定个体是否具有生长优势的关键,并对生长轨迹模式造成显着影响。6、QTL位点功能分析共鉴定出68个关键候选基因,包括影响生长性状的14个基因和影响木材化学组分的54个基因。基因功能注释结合表达定量分析结果表明,影响生长的基因主要有IAA羧基甲基转移酶、腺苷甲基转移酶、微管EB1C蛋白、HVA22抗逆蛋白、叶绿素a/b结合蛋白、葡萄糖醛酸转移酶、葡聚糖内切1,3-β-葡糖苷酶等,通过参与甲基化修饰、激素代谢、抗逆、同化作用和细胞壁形成等生物学过程发挥功能;影响木材化学组分的基因主要包括木质纤维素合成相关的羟基肉桂酸转移酶（HCT）、类纤维素合酶（CSLA）、聚半乳糖醛酸酶、MYB转录因子,以及在木材形成中可能参与RNA转录调控的THO/TREX复合体家族、锌指结构蛋白、真核生物转录起始因子、b HLH、b ZIP转录因子和蛋白质磷酸化相关的F-box/kelch重复蛋白。综上所述,本研究初步揭示了日本落叶松生长和材性性状形成的复杂遗传结构,基于连锁-连锁不平衡和功能作图分析,检测到生长和木材化学组分相关QTL候选位点具有表观遗传效应,获得的关键候选基因将为数量性状形成的分子机制研究提供重要基础,促进日本落叶松分子育种进程,为工业用材林的培育奠定良好的理论支持。
孙佩[7]（2020）在《丹红杨×通辽1号杨高密度遗传图谱构建及重要经济性状QTLs解析》文中研究指明杨树（Populus）是我国主要造林树种,具有重要的经济和生态价值。当前,大量杨树栽培种已经在不同杨树适生区推广种植,而准确鉴定不同杨树栽培种和解析杨树重要性状遗传与分子基础是杨树生产实践和遗传改良的重要目标。本研究对课题组前期收集的91份国内外杨树栽培种利用SSR（Simple sequence repeat,SSR）构建指纹鉴定图谱并进行倍性检测,从中选取美洲黑杨丹红杨（Populus deltoides‘Danhong’）作为母本,天然种质小叶杨通辽1号杨（Populus simonii‘Tongliao1’）作为父本,通过人工杂交获得派间F1杂交群体,利用全基因组重测序技术开发的SNP（Single nucletiode polymorphism,SNP）标记构建高密度遗传图谱;测定丹红杨×通辽1号杨F1群体叶片、不定根及抗旱性状,进行QTLs定位分析,解析其遗传基础,挖掘目的性状相关联的候选基因。本研究通过对杨树主体栽培种的指纹图谱构建、丹红杨×通辽1号杨高密度遗传图谱构建、重要性状的遗传基础解析,为杨树栽培种的保护和利用提供理论依据,对杨树分子标记辅助育种和重要性状遗传改良具有重要意义。主要结论如下:1.使用18对多态性SSR标记构建91份来自杨属4大派[黑杨派（57）、青杨派（11）、白杨派（5）、胡杨派（2）及派间、派内杂种（16）]的指纹图谱。总计扩增222个多样性等位基因,平均每个标记扩增12.3个多样性等位基因,平均标记多态性信息含量和区分系数值分别为0.706和0.813。5对SSR标记（ORPM＿103、ORPM＿247、GCPM＿1048、GCPM＿1255和LG＿X＿19）筛选为参试栽培种核心引物组合。流式细胞分析发现11个栽培种为三倍体,其中7个栽培种在多个标记位点扩增出3个等位基因,表明SSR标记可以辅助倍性检测。2.以起源于北美洲的美洲黑杨种内杂种丹红杨（母本）和我国天然种质小叶杨优树通辽1号杨（父本）通过人工控制授粉建立F1群体,随机选择500个杂交子代个体,采用全基因组重测序技术开发单核苷酸多态性标记,分别构建母本、父本和整合3张高密度遗传图谱。母本遗传图谱含有3 474个SNP标记,分布于19个连锁群,覆盖遗传距离为2 686.63 c M,标记间平均距离为0.77 c M;父本遗传图谱含有2 831个标记,分布于19个连锁群,覆盖遗传距离为2 388.21 c M,标记间平均距离为0.84 c M;整合图谱包含5 796个SNP标记,分布于19个连锁群,覆盖基因组遗传距离为2 683.80 c M,标记间平均间距为0.46 c M。共线性和热图分析表明遗传图谱构建质量较高。3.测定丹红杨×通辽1号杨亲本及422个F1子代的13个叶面积、叶周长、净光合作用速率等叶片形态和生理性状,亲本间差异显着,F1群体中均为正态分布且同一类型叶片性状间相关性要高于不同类型间性状。定位分析发现调控叶片形态性状的109个QTL位点分布于18个连锁群,55个调控叶片生理性状QTL位点分布于14个连锁群。叶片性状QTL位点区域包含180个候选基因,共表达和GO富集分析证明这些候选基因参与叶片光合作用。定量PCR表明基因CYCLIN（Potri.015G112200）和RED CHLOROPHYLL REDUCTASE（Potri.007G043600）在亲本间显着差异表达,表明这两个基因可能参与调控叶片发育。4.对丹红杨×通辽1号杨亲本及435个F1子代进行水培试验,测定不定根数量、最大根长和叶片数等12个不定根和茎相关表型性状,在F1群体中广泛分离,受到高度遗传调控,性状间显着相关。150个QTLs位点调控不定根性状,表型变异解释率为3.1-6.1%,83个QTLs位点调控茎性状,表型变异解释率为3.1-19.8%。存在25个QTLs一因多效位点和40个QTLs重组热点,其中10个QTLs一因多效位点共同调控不定根和茎生长。对亲本及强弱生根能力各3个基因型个体进行转录组分析,发现1 0172个差异表达基因,其中143个基因是QTL区域重叠基因。K-means聚类和权重基因共表达网络分析表明编码氨基酸膜转运蛋白的基因Pt AAAP19（Potri.004G111400）与不定根性状显着相关,亲本间序列比较分析发现通辽1号杨缺失一段153bp编码区序列,导致其编码蛋白质缺少一个转膜结构域,可能引起不定根生根能力变化。5.在正常水分和中等程度干旱胁迫条件下,测定丹红杨×通辽1号杨146个F1子代的株高、基径、落叶数等5个抗旱性状,在F1群体中呈正态分布,受到不同程度的遗传调控。抗旱性状存在区组与环境间互作效应,其中株高相对生长量和比叶面积具有显着的基因型和不同水分梯度间互作效应。定位分析发现208个QTL位点,在正常水分条件、中等程度干旱胁迫及抗旱系数条件下分别发现92、63和53个QTL位点,有26个共同QTLs位点,182个特异QTLs位点以及2个一因多效位点,初步开发了一个与叶片相对含水量共同QTL位点q DLRWC-LG10-1相关联的抗旱性分子鉴定标记np2841。抗旱性特异QTLs位点区域挖掘出187个候选基因,功能注释分析发现基因Potri.003G171300和Potri.012G123900参与干旱胁迫响应。本文以适生于中国的杨树栽培种及丹红杨×通辽1号杨F1群体为研究对象,构建指纹图谱和高密度遗传图谱、解析重要性状遗传基础和挖掘关键候选基因,为准确区分不同杨树栽培种、解析杨树重要性状的遗传与分子机制奠定了基础,对杨树新品种保护、分子标记辅助育种和遗传改良具有重要的理论意义和应用价值。
靳藏馥[8]（2020）在《杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位》文中指出杜仲（Eucommia ulmoides）是重要的药用和胶用经济树种,具有极高的开发利用价值,其良种培育工作对杜仲产业的发展具有重要影响。传统育种方式所需周期时间长,效率很低;且木本植物生长期长,生物个体大,遗传背景复杂,制约着杜仲遗传改良的研究进程。分子育种学通过分子标记筛选或基因工程等可直接获得增益较大的个体或优良品种和无性系,极大地提高了选择效率和育种精度。本研究以杜仲‘秦仲1号’和‘小叶’杂交F1代群体（152株个体）为材料,利用二代转录组测序技术开发SSR引物,对本实验室原有遗传连锁图谱进行重构,得到杜仲高密度遗传连锁图谱;统计分析F1代群体连续十年生长、物候、次生代谢物含量等重要性状的表型多样性和变异规律,通过多树龄多性状QTLs定位和候选基因搜索,锁定生长发育过程中持续稳定表达的QTLs/基因;构建杜仲分子标记辅助选择体系,并结合表型数据对F1代作图群体152个单株进行优树选择和鉴定,确定早期选择适宜树龄,为在分子水平开展杜仲遗传改良奠定基础,对加快杜仲定向改良和育种进程具有重要指导意义。主要研究结果如下:1. 利用杜仲‘秦仲3号’转录组数据开发了一批SSR标记引物,并且预测了萜类（杜仲胶）生物合成相关候选基因。共开发出1,870对有效SSR引物和351对适用于F1作图群体（‘小叶’ב秦仲1号’）的稳定性高、多态性良好的SSR引物;通过转录组基因功能注释,鉴定出65个萜类生物合成途径候选基因;通过幼叶幼果比较转录组分析,筛选出29个与萜类生物合成相关的差异表达基因。2. 构建了一张高密度杜仲遗传连锁图谱。结合转录组筛选351对和文献查阅14对SSR引物,共应用365对SSR引物对152株F1代个体和2个亲本进行PCR扩增,获得456个多态性标记。其中偏分离标记为22个,占总标记数目的4.80%。利用上述SSR标记在Joinmap 4.0中对原有遗传连锁图谱进行重构,获得高密度杜仲遗传连锁图谱。该图谱共包含869个标记,分布在19个连锁群上,总图距为1,913.29 c M;每个连锁群的标记数目为15～151不等;每个连锁群的图距为59.13 c M～172.21 c M不等;标记间的平均图距为2.20 c M。预估的杜仲基因组长度为2,015.05c M,图谱的覆盖率为94.95%。3. 对杜仲F1杂交子代群体（152株个体）连续五年6a（2015）～10a（2019）的表型性状进行统计分析。所有性状在作图群体中分离明显,表现为连续分布且基本符合正态分布。同一性状不同树龄间相关性分析表明,11个性状（树高、胸径、地径、叶脉数、叶柄长、绿原酸含量、芦丁含量、杜仲胶含量、叶长、叶宽和叶面积）在连续五年间表现出（极）显着的相关性,其余11个性状（冠幅、叶长宽比、单叶重、枝长、枝径、分枝数、分枝角、叶片数、产叶量、萌芽期、展叶期）在超过3个树龄间没有表现出相关性。不同性状之间均表现一定程度的正相关,但分枝角与枝长、枝径、分枝数、叶片数、产叶量之间表现出显着的负相关,叶片中杜仲胶含量与绿原酸含量、芦丁含量之间表现出显着负相关。4. 观察并分析杜仲F1杂交子代群体（152株个体）连续十年1a（2010）～10a（2019）的表型性状的生长规律。各个性状生长量大体表现为随时间（树龄）缓慢增长。杜仲苗期（2a）叶片展开面积较大、颜色较深且叶片肥厚,有助于提高杜仲幼苗的光合作用,为苗期生长储存更多的有机物和能量。杜仲树龄较低时1a（2010）～5a（2014）处于一个相对有利于次生代谢物（绿原酸、芦丁、杜仲胶）积累的生理阶段,而随着植株树龄增加,体内调控生长的代谢途径和产物愈加丰富,对次生代谢物的合成和积累产生影响。萌芽期和展叶期易受外界环境因素（温度）的影响,不同树龄间变异较大。枝长、枝径、叶片数和产叶量在8a（2017）时生长量大幅提升,且8a时杜仲开始挂果,证明植株进入成熟阶段。5. 杜仲重要性状QTLs定位。杜仲F1代群体连续十年22个性状共鉴定出432个Q TLs。检测到QTLs的LO D值范围为3.01～37.52,其中超过全基因组LOD临界值的有155个,占总数的35.9%。Kruskal-Wallis分析表明与性状显着相关的QTLs有204个,占总数的47.2%。每个QTL的表型贡献率为9.0%～85.8%。除分枝数和叶面积外,其余性状在不同树龄间鉴定到的QTLs均包含重叠区间,但没有连续十年检测到相同位置的QTLs。不同性状鉴定的QTLs同样存在重叠区间。多树龄多性状鉴定的重复QTLs推测为影响杜仲生长发育的关键因子。6. QTL区间候选基因预测。参考转录组测序结果,得到43条位于QTLs区间内的序列,其中19条位于QTL区间LOD值峰值处,推测参与目标性状生长调控的潜力较大。通过BLASTX比对和基因注释,共有28条序列（候选基因）得到27条注释信息,其余15条序列功能尚不清楚。候选基因功能注释分为五类:细胞结构组分（3）、细胞内功能（8）、植物组织形成（4）、信号转导和防御反应（8）和代谢相关（4）。有2条序列注释为萜类生物合成相关基因。7. 分子标记辅助选择育种。筛选出4个检测效率高的分子标记（EQ457-200a、em1me6-170、UBC886-2200和em4me7-550）,可用于杜仲分子标记辅助选择。结合分子标记辅助选择和表型数据,最终决选出高胶型、高药型、高经济型、高生长型和综合型优良单株分别有12、7、9、9和5株。综合分析得出杜仲早期性状选择的适宜树龄为5a。
吴钧剑[9]（2020）在《锥栗半同胞子代群体遗传结构及栗疫病抗性变异分析》文中提出锥栗（Castanea henryi）是我国南方重要的木本粮食树种。随着锥栗产业及种植面积的不断扩大,选育锥栗优良品种显得尤为重要。由于对锥栗疫病抗性的遗传基础研究比较薄弱,目前仍未选育出用于推广的高抗优良品种。本研究利用开发的转录组SSR标记对锥栗半同胞子代群体进行了遗传多样性及遗传结构分析,并对群体的栗疫病抗性及苗期性状进行了变异分析,开展了优良家系和优良单株的初步选择,并进行了转录组SSR分子标记和表型性状的关联分析,为进一步的良种选育提供参考。主要研究结果如下:1.以6个锥栗农家品种、3个板栗农家品种和3个日本栗栽培品种为材料,共设计合成108对转录组SSR引物进行扩增,。其中引物FAFUZLEST-7、FAFUZLEST-9、FAFUZLEST-11、FAFUZLEST-12、FAFUZLEST-18等5个引物的多态性条带百分比均为100%。2.利用18对转录组SSR引物对14个锥栗半同胞子代群体进行遗传多样性和遗传结构分析。检测出Shanon信息指数（I）的范围在1.037～1.287,平均有效等位基因数Ne=3.015,平均观测杂合度Ho=0.584,平均期望杂合度He=0.614,基因分化系数Fst=0.1253,基因流Nm=1.7458,AMOVA分析结果表明家系间变异仅占10%,而大部分的变异来源于家系内部。这些结果表明锥栗半同胞群体具有丰富的遗传多样性,群体间存在中等程度的遗传分化,基因交流程度较大,而且遗传变异主要是家系内部的遗传变异。将14个锥栗半同胞家系划分为2类。3.对14个锥栗半同胞家系进行栗疫病抗性及苗期性状的遗传分析,得到各个性状的平均变异系数（CV）为29.97%,说明家系间变异较为丰富。对各家系平均变异系数CV大小进行排序,排名前三的家系是大尖嘴、小尖嘴、红仔榛。另外,相关系数最高的2个性状分别是叶长与叶面积（R=0.931）、叶宽与叶面积（R=0.938）。对测定的12个表型性状进行聚类分析,将14个锥栗半同胞家系分为3大类。进行优良家系与优良单株的选择,筛选出抗病性最强的5个家系是:乌壳长芒、油桐仔、小尖嘴、黄榛、铁锥;生长性状最好的5个家系是双峰子、小尖嘴、牛角仔（中熟）、油桐仔、黄榛;油桐仔、小尖嘴、黄榛这3个家系的抗病能力和生长状况都较好。选出抗病性强且生长状况好的优良单株7株,分别是8-10、2-23、7-26、11-29、14-31、12-29、2-19。对选出的7个优良单株进行父本鉴定,鉴定出子代2-19的父本为处暑红,子代2-23的父本为乌壳长芒,子代7-26的父本为铁锥,子代8-10的父本为处暑红,子代11-29的父本为油榛,子代12-29的父本为中尖嘴,子代14-31的父本为牛角仔（晚熟）。4.利用18对转录组SSR分子标记对锥栗的表型性状进行关联分析,一般线性模型（GLM）得出15个位点和10个表型性状之间有显着关联,混合线性模型（MLM）得出10个位点和11个表型性状之间有显着关联,FAFUZLEST-15位点与感病率的变异贡献率高达为95.53%。
姚丹[10]（2019）在《遗传作图群体中SNP识别软件开发及杨树高密度遗传图谱构建》文中研究表明传统的分子标记数量有限而且难以分型,利用这些标记构建的林木遗传图谱密度相对较低,因而限制了林木数量性状位点（QTL）定位、分子标记辅助育种、基因组组装和比较基因组学等研究的进一步发展。限制性位点关联DNA测序（RAD-seq）是一种能够快速经济地获得作图群体所需的成千上万个SNP标记的测序技术,有助于构建高密度林木遗传连锁图谱。目前,RAD-seq数据分析软件包主要针对系统发育及群体遗传学方面的研究,然而用于获得作图群体中大量SNP标记的软件包相对较少。如何从RAD-seq大数据中提取出群体中大量个体的SNP基因型数据是一个极其具有挑战性的问题。因此,有必要开发新的软件以便获取群体中大量高质量的SNP基因型数据,从而构建林木高密度遗传连锁图谱。本研究开发了一个新的名为gmRAD的软件包,该软件能够对RAD双端测序序列及不同长度的序列进行分析,获得遗传作图所需的大量SNP标记数据,其网址为https://gith ub.com/tongchf/gmRAD。gmRAD主要分为五个步骤来实现整个算法:（1）对每个亲本双端序列的左端序列进行聚类;（2）将每个聚类与之对应的左端和右端序列提取出来进行拼接,建立两个亲本的参考序列;（3）形成亲本的SNP目录;（4）获得所有个体的SNP基因型;（5）根据分离模式、孟德尔分离定律和作图群体中基因型数据缺失情况,筛选SNP标记生成可用于遗传作图的基因型数据集。使用gmRAD时,这五个步骤可以用一个命令来完成,但每一个步骤也可以独立地分析计算。使用gmRAD对美洲黑杨和小叶杨杂交F1代群体两个亲本和418个子代的RAD-seq数据进行了分析,获得了大量的SNP标记,构建了两个亲本高密度遗传连锁图谱。两个亲本及其子代的RAD-seq数据量达到1486.2 Gb,对此进行分析获得了4021个分离类型为ab?aa的SNP和2101个分离类型为aa?ab的SNP。经过两点连锁分析后,有4018个分离类型为ab?aa的SNP在LOD临界值介于7-55范围内均被划分为19个连锁群;同样地,有2097个分离类型为aa?ab的SNP在LOD值为7-29的范围内也一致地被划分为19个连锁群。该结果表明连锁群划分的数目与杨树染色体的核型完全匹配。然后,使用多种作图软件对每个连锁群中的标记进行排序,从中选出最优的排序构建图谱。结果使用分离类型为ab?aa的SNP构建了母本美洲黑杨的高密度遗传连锁图谱,连锁群的长度介于217.03到928.64 cM之间,总图距为7838.48cM,标记区间平均图距为1.96 cM;使用分离类型为aa?ab的SNP构建了父本小叶杨的高密度遗传连锁图谱,连锁群图距介于144.41和716.40cM之间,总图距为5506.35 cM,标记区间的平均图距为2.65 cM。本研究开发的软件gmRAD可以快速有效地分析作图群体的RAD-seq数据,获取大量的SNP标记数据用于构建高密度遗传连锁图谱。不但可用于高度杂合、没有参考基因组的林木作图群体,而且也适用于自交系中的回交群体和F2代群体。本研究构建的美洲黑杨和小叶杨两个亲本的高密度遗传图谱,无论是在标记数据的质量上还是在连锁群内标记排序的精度上都比较高,为后续对杨树进行数量性状基因定位、基因组组装和比较基因组学研究提供了重要的遗传资源。
二、林木遗传图谱的构建及应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、林木遗传图谱的构建及应用（论文提纲范文）
（1）杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 杨树资源概述及研究进展 |
| 1.1.1 杨树资源概述 |
| 1.1.2 杨树杂交研究进展 |
| 1.2 休眠与萌发 |
| 1.2.1 芽休眠与萌发 |
| 1.2.2 休眠和萌发的影响因素 |
| 1.3 林木QTL定位及研究进展 |
| 1.3.1 作图群体 |
| 1.3.2 遗传连锁图谱 |
| 1.3.3 QTL定位基本原理与方法 |
| 1.3.4 QTL作图软件 |
| 1.3.5 杨树QTL定位研究进展 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 第二章 杨树萌芽与驻芽时间QTL定位 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 表型数据的测定及分析 |
| 2.1.3 杨树高密度遗传图谱构建 |
| 2.1.4 驻芽和萌芽时间QTL定位 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 杨树驻芽和萌芽时间表型数据分析 |
| 2.2.2 驻芽和萌芽时间QTL定位分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 杨树驻芽和萌芽时间性状表型分析 |
| 2.3.2 影响QTL作图的因素分析 |
| 2.3.3 驻芽和萌芽时间的QTL定位分析 |
| 第三章 杨树驻芽与萌芽时间关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料与表型数据测定 |
| 3.1.2 SNP标记数据获取 |
| 3.1.3 驻芽和萌芽时间关联分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RAD测序数据 |
| 3.2.2 驻芽时间关联分析 |
| 3.2.3 萌芽时间关联分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 候选基因功能注释与富集分析 |
| 4.1 候选基因研究 |
| 4.1.1 候选基因挖掘 |
| 4.1.2 候选基因富集分析 |
| 4.2 GenAE软件包开发 |
| 4.2.1 GenAE软件包的使用说明 |
| 4.2.2 GenAE软件测试 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 候选基因功能注释 |
| 4.3.2 候选基因富集分析 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 本研究的主要结论 |
| 5.2 本研究的创新点 |
| 5.3 研究中存在的问题及展望 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（2）灌木柳插穗效应及重要性状的QTL定位（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 SRC柳树林的建立和维持 |
| 1.1.1 SRC柳树 |
| 1.1.2 SRC柳树种植与建园的影响因素 |
| 1.1.3 SRC柳树人工林的维持和产量预测 |
| 1.2 柳树重要性状的QTL定位 |
| 1.2.1 柳树作图群体 |
| 1.2.2 分子标记选择 |
| 1.2.3 柳树遗传图谱研究进展 |
| 1.2.4 柳树重要性状QTL定位 |
| 1.2.4.1 QTL定位分析方法 |
| 1.2.4.2 柳树QTL研究进展 |
| 1.3 本研究的意义 |
| 1.4 主要研究内容和拟解决的重点问题 |
| 1.4.1 研究内容及技术路线 |
| 1.4.2 拟解决的重点问题 |
| 第二章 插穗重量对灌木柳生长和材性的影响 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料和大田试验设计 |
| 2.1.2 柳树生长和生物量测定 |
| 2.1.3 灌木柳木材基本密度 |
| 2.1.4 灌木柳木材化学组成分析 |
| 2.1.5 数据分析 |
| 2.2 结果分析 |
| 2.2.1 插穗重量对柳树存活率的影响 |
| 2.2.2 柳树生长和插穗重量的动态相关性 |
| 2.2.3 插穗重量对柳树株高和地径的的影响 |
| 2.2.4 插穗重量对柳树侧枝的影响 |
| 2.2.5 插穗重量对柳树叶片的影响 |
| 2.2.6 插穗重量对柳树地上部鲜重和干重的影响 |
| 2.2.7 插穗重量对柳树木材基本密度和化学组成的影响 |
| 2.2.8 生长性状和材性性状之间的关系 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 插穗尺寸与柳树死亡率的关系 |
| 2.3.2 插穗尺寸与柳树侧枝的关系 |
| 2.3.3 插穗尺寸对柳树生物量的影响 |
| 2.3.4 插穗尺寸对柳树化学组成的影响 |
| 2.4 总结 |
| 第三章 柳树性别对灌木柳插穗苗生长、虫害及防御物质的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料与试验设计 |
| 3.1.2 生长性状测量 |
| 3.1.3 性别调查 |
| 3.1.4 昆虫啃食度 |
| 3.1.5 叶片氮含量 |
| 3.1.6 化学防御物质 |
| 3.1.7 数据分析 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 性别比率和死亡率统计 |
| 3.2.2 柳树性别对生长性状的影响 |
| 3.2.3 柳树性别对昆虫啃食的影响 |
| 3.2.4 柳树性别对叶片化学防御物质的影响 |
| 3.2.5 生长、防御和虫害的关系 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 柳树的性别比偏向 |
| 3.3.2 柳树生物量的性别偏向 |
| 3.3.3 柳树虫害的性别偏向 |
| 3.3.4 柳树叶片化学防御物质的性别偏向 |
| 3.3.5 柳树的资源分配原则 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 灌木柳生长模型的拟合以及生物量的预测 |
| 4.1 试验设计与方法 |
| 4.1.1 试验场地概况及试验设计 |
| 4.1.2 模型选择和数据分析 |
| 4.2 结果分析 |
| 4.2.1 一年生簸箕柳和三蕊柳苗期生长动态 |
| 4.2.2 模型构建与参数评估 |
| 4.2.3 不同生长模型的比较分析 |
| 4.2.4 灌木柳生物量预测模型的构建及评价 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 生长曲线拟合 |
| 4.3.2 生物量预测模型 |
| 4.4 总结 |
| 第五章 平茬后灌木柳再生能力研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料与试验设计 |
| 5.1.2 生长特征的测量 |
| 5.1.3 数据分析 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.2.1 树桩直径对树桩存活率的影响 |
| 5.2.2 树桩直径对萌条株高、地径以及数量的影响 |
| 5.2.3 树桩直径对柳树叶片的影响 |
| 5.2.4 树桩直径对叶片叶绿素的影响 |
| 5.2.5 树桩直径对生物量的影响 |
| 5.2.6 生长指标间的相关性分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 树桩尺寸对树桩存活的影响 |
| 5.3.2 树桩尺寸对萌条生长特性的影响 |
| 5.4 总结 |
| 第六章 灌木柳重要性状的QTL定位 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 作图群体 |
| 6.1.2 遗传图谱 |
| 6.1.3 表型测定 |
| 6.1.4 QTL分析 |
| 6.1.5 置信区间所在的基因组区域的确定 |
| 6.1.6 基因功能注释 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 作图群体的表型变异 |
| 6.2.2 三蕊柳表型性状间的相关性分析 |
| 6.2.3 表型性状的QTL定位 |
| 6.2.4 三蕊柳主干生长的动态QTL分析 |
| 6.2.5 三蕊柳侧枝相关性状的QTL分析 |
| 6.2.6 三蕊柳叶片相关性状的QTL分析 |
| 6.2.7 三蕊柳生物量性状的QTL分析 |
| 6.2.8 三蕊柳木材材性性状的QTL分析 |
| 6.2.9 区间解析和相关基因注释 |
| 6.2.9.1 三蕊柳生长相关候选基因的注释和筛选 |
| 6.2.9.2 三蕊柳材性相关候选基因的注释和筛选 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 结论 |
| 第七章 总结与展望 |
| 7.1 总结 |
| 7.2 工作展望 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（3）榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 榧树研究 |
| 1.1.1 榧树简介 |
| 1.1.2 榧树的生殖生物学 |
| 1.1.3 榧树基于分子标记的研究 |
| 1.2 复杂性状及其调控机理的研究 |
| 1.2.1 数量性状 |
| 1.2.2 林木遗传图谱的构建 |
| 1.2.2.1 遗传图谱 |
| 1.2.2.2 分子标记 |
| 1.2.3 QTL定位 |
| 1.2.3.1 QTL分析原理 |
| 1.2.3.2 QTL统计分析方法 |
| 2 研究意义、内容与技术路线 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 研究内容 |
| 2.3 技术路线 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 作图群体 |
| 3.1.2 试验试剂 |
| 3.1.3 试验设备与仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 榧树基因组DNA的提取及检测 |
| 3.2.2 AFLP分析 |
| 3.2.2.1 基因组DNA的酶切与人工接头连接 |
| 3.2.2.2 PCR预扩增与选择性扩增体系 |
| 3.2.3 AFLP标记数据处理 |
| 3.2.4 榧树多样性分析 |
| 3.2.5 遗传图谱构建 |
| 3.2.5.1 基因频率和重组率的计算 |
| 3.2.5.2 连锁群划分及标记排序 |
| 3.2.6 QTL的检测与定位 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 作图群体 |
| 4.2 AFLP分析 |
| 4.2.1 DNA提取及检测 |
| 4.2.2 AFLP体系的优化 |
| 4.2.2.1 DNA酶切与连接 |
| 4.2.2.2 PCR预扩增 |
| 4.2.2.3 选择性扩增 |
| 4.2.2.4 扩增产物荧光毛细管电泳检测 |
| 4.2.2.5 引物筛选 |
| 4.2.3 样品分析 |
| 4.2.4 榧树标记间的比较 |
| 4.2.4.1 AFLP不同检测方法间的比较 |
| 4.2.4.2 不同分子标记间的比较 |
| 4.3 榧树多样性分析 |
| 4.3.1 母本居群遗传多样性分析 |
| 4.3.2 半同胞子代群体多样性分析 |
| 4.3.2.1 半同胞子代生长量方差分析 |
| 4.3.2.2 半同胞子代遗传多样性分析 |
| 4.3.3 亲子代群体遗传多样性分析 |
| 4.4 榧树遗传连锁图谱的构建 |
| 4.5 榧树苗期生长性状相关的QTL分析 |
| 4.5.1 生长性状数据的正态分布检验 |
| 4.5.2 QTL的检测与定位 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 致谢 |
（4）华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 落叶松育种研究进展 |
| 1.1.1 落叶松传统育种的研究进展 |
| 1.1.2 基因克隆与转基因技术在落叶松育种中的研究进展 |
| 1.2 分子标记技术及其在落叶松中的应用 |
| 1.2.1 DNA分子标记 |
| 1.2.2 分子标记在落叶松中的应用 |
| 1.3 林木遗传连锁图谱构建途径 |
| 1.3.1 作图群体的建立 |
| 1.3.2 分子标记选择 |
| 1.3.3 分离标记的连锁分析 |
| 1.3.4 林木遗传图谱构建研究进展 |
| 1.4 林木数量性状基因定位 |
| 1.4.1 QTL定位的原理和方法 |
| 1.4.2 林木QTL定位研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的主要内容 |
| 2 华北落叶松EST-SSR标记开发及其多态性评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 Illumina测序和转录组组装 |
| 2.1.3 SSR挖掘和引物设计 |
| 2.1.4 DNA制备和检测 |
| 2.1.5 PCR扩增及SSR标记检测 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 华北落叶松转录组测序数据的组装 |
| 2.2.2 EST-SSR位点识别及分布特征 |
| 2.2.3 EST-SSR标记的开发、验证及通用性分析 |
| 2.2.4 华北落叶松无性系间的遗传关系 |
| 2.3 小结 |
| 3 华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 华北落叶松F1作图群体的构建 |
| 3.1.2 作图群体DNA提取和检测 |
| 3.1.3 SLAF文库构建和高通量测序 |
| 3.1.4 SLAF测序数据分析和SNP位点识别 |
| 3.1.5 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 华北落叶松基因组DNA提取 |
| 3.2.2 SLAF测序数据分析 |
| 3.2.3 SNP标记挖掘 |
| 3.2.4 遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.5 遗传图谱质量评价 |
| 3.3 小结 |
| 4 华北落叶松苗期生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 表型性状的测定 |
| 4.1.3 遗传图谱构建 |
| 4.1.4 QTL分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 作图群体数量性状的变异分析 |
| 4.2.2 表型性状间的相关性分析 |
| 4.2.3 生长和针叶性状的QTL定位 |
| 4.2.4 QTL在连锁群上的成簇聚集 |
| 4.3 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 华北落叶松转录组测序和SSR位点特征 |
| 5.2 EST-SSR标记的开发及其通用性 |
| 5.3 种子园无性系的遗传多样性 |
| 5.4 SLAF-seq与分子标记开发 |
| 5.5 遗传连锁图谱构建及其应用 |
| 5.6 基因分型技术比较 |
| 5.7 华北落叶松F1作图群体表型性状的遗传变异 |
| 5.8 表型性状的QTL分析 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（5）侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 引言 |
| 1 绪论 |
| 1.1 林木育种资源 |
| 1.1.1 针叶树遗传改良途径及模式 |
| 1.1.2 育种群体的遗传多样性 |
| 1.1.3 育种群体亲缘关系分析 |
| 1.2 育种群体的遗传评价方法 |
| 1.2.1 遗传变异的类型 |
| 1.2.2 高通量测序技术在林木遗传育种中的应用 |
| 1.2.3 简化基因组测序技术 |
| 1.3 针叶树遗传图谱 |
| 1.3.1 针叶树基因组结构特征 |
| 1.3.2 针叶树遗传图谱研究 |
| 1.3.3 针叶树遗传图谱的应用 |
| 1.3.4 偏分离产生原因及进化意义 |
| 1.4 侧柏育种资源 |
| 1.4.1 侧柏的生物学特征 |
| 1.4.2 侧柏的常规育种进展 |
| 1.4.3 侧柏的遗传学研究进展 |
| 1.5 科学问题的提出、研究策略与主要研究任务 |
| 2 侧柏遗传标记的开发及评价 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 侧柏DNA的提取 |
| 2.1.2 侧柏SSR标记的开发及评价 |
| 2.1.3 侧柏ddRAD建库 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 侧柏SSR标记的开发与评价 |
| 2.2.2 侧柏ddRAD标记的开发与评价 |
| 2.3 小结 |
| 3 侧柏高密度遗传图谱的构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 遗传图谱的构建 |
| 3.1.2 遗传图谱的质量评估 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 全标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.2 全标记遗传图谱上标记的分布 |
| 3.2.3 框架标记遗传图谱的基本信息 |
| 3.2.4 图谱共线性分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 侧柏偏分离位点发掘与遗传解析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 偏分离位点的获取及基因功能的分析 |
| 4.1.2 构建含有偏分离位点的遗传图谱 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 偏分离位点分析 |
| 4.2.2 含偏分离位点的遗传图谱基本信息 |
| 4.2.3 含偏分离位点的遗传图谱标记分布 |
| 4.2.4 图谱共线性分析 |
| 4.2.5 偏分离位点的热点区域分布 |
| 4.3 小结 |
| 5 侧柏初级育种群体的遗传多样性与亲缘关系分析 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 育种资源收集 |
| 5.1.2 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异测定 |
| 5.1.3 侧柏种子园育种群体亲本的分子标签开发 |
| 5.1.4 侧柏种子园亲本群体的群体结构分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 侧柏种子园育种群体亲本的遗传变异水平 |
| 5.2.2 初级育种群体的亲本亲缘关系解析 |
| 5.2.3 侧柏种子园中育种群体亲本的群体结构 |
| 5.3 小结 |
| 6 侧柏高阶改良策略 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 不同强度的疏伐设计 |
| 6.1.2 侧柏去劣疏伐种子园亲本群体的选择 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 不同疏伐强度下的亲本植株数量统计 |
| 6.2.2 不同疏伐强度下种子园的遗传多样性分析 |
| 6.2.3 去劣疏伐种子园优良亲本的初步筛选 |
| 6.3 侧柏高阶改良策略 |
| 6.3.1 侧柏种子园的交配设计 |
| 6.3.2 侧柏种子园育种体系的可持续改良策略 |
| 6.4 小结 |
| 7 讨论 |
| 8 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录清单 |
| 致谢 |
（6）日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究现状及评述 |
| 1.2.1 SNP分子标记及GBS技术在SNP鉴定中的应用 |
| 1.2.2 遗传图谱在林木QTL定位研究中的应用 |
| 1.2.3 林木QTL定位分析研究进展 |
| 1.2.4 连锁-连锁不平衡分析及其在林木中的研究进展 |
| 1.2.5 林木数量性状非DNA序列遗传效应解析研究进展 |
| 1.2.6 功能作图及其在林木中的研究进展 |
| 1.2.7 落叶松遗传图谱及QTL定位研究进展 |
| 1.3 研究目标和主要研究内容 |
| 1.3.1 研究目标 |
| 1.3.2 主要研究内容 |
| 1.4 研究技术路线 |
| 2 日本落叶松基因组水平SNP发掘及其特征分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 基因组总DNA提取 |
| 2.1.3 简化基因组测序 |
| 2.1.4 SNP位点的检测、筛选及验证 |
| 2.1.5 变异位点群体特征分析 |
| 2.1.6 变异位点全基因组注释及其分布特征 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 日本落叶松基因组水平SNP位点的发现及验证 |
| 2.2.2 日本落叶松基因组水平SNP标记的分类及特征分析 |
| 2.2.3 日本落叶松基因组水平SNP标记分布及功能注释 |
| 2.3 小结 |
| 3 日本落叶松高密度遗传图谱构建及连锁-连锁不平衡分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 生长及材性性状测定和分析 |
| 3.1.3 半同胞作图群体分子标记开发和统计分析 |
| 3.1.4 连锁-连锁不平衡分析 |
| 3.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 生长和材性性状表型变异及相关性分析 |
| 3.2.2 半同胞作图群体结构分析 |
| 3.2.3 SNP/SSR标记开发和多态性检测 |
| 3.2.4 高密度遗传图谱构建和LD分析 |
| 3.2.5 QTL定位和遗传效应分析 |
| 3.2.6 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 3.3 小结 |
| 4 日本落叶松生长和材性性状表观遗传效应解析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 关联群体生长及材性性状测定 |
| 4.1.3 关联群体分子标记开发和分析 |
| 4.1.4 单基因座遗传和表观遗传效应QTL定位 |
| 4.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 QTL定位及遗传和表观遗传效应分析 |
| 4.2.2 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 4.3 小结 |
| 5 日本落叶松树高和胸径动态生长的功能作图及异时性参数分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 作图群体生长性状测定 |
| 5.1.3 作图群体分子标记开发和分析 |
| 5.1.4 功能作图统计分析方法 |
| 5.1.5 QTL位点的功能解析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 生长过程 |
| 5.2.2 QTL效应位点检测 |
| 5.2.3 DNA分子标记对生长过程及异时性参数影响 |
| 5.2.4 关键候选基因鉴定和表达分析 |
| 5.3 小结 |
| 6 结论与讨论 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 讨论 |
| 6.2.1 日本落叶松基因组水平SNP发掘及其特征分析 |
| 6.2.1.1 简化基因组测序在群体变异检测中的功效解析 |
| 6.2.1.2 群体变异位点分类特征分析 |
| 6.2.1.3 全基因组变异位点分布特征解析 |
| 6.2.2 日本落叶松高密度遗传图谱构建及连锁-连锁不平衡分析 |
| 6.2.2.1 日本落叶松高密度遗传图谱构建 |
| 6.2.2.2 日本落叶松连锁-连锁不平衡作图 |
| 6.2.2.3 日本落叶松半同胞群体SNP单标记关联的遗传效应解析 |
| 6.2.3 日本落叶松生长和材性性状表观遗传效应解析 |
| 6.2.3.1 日本落叶松生长和材性性状的表观遗传效应解析 |
| 6.2.3.2 日本落叶松生长和材性性状形成的表观遗传基础分析 |
| 6.2.4 日本落叶松树高和胸径动态生长的功能作图及异时性参数分析 |
| 6.2.4.1 功能作图分析动态QTL对树高和胸径生长过程的影响 |
| 6.2.4.2 日本落叶松生长性状动态QTL功能的遗传基础分析 |
| 6.3 创新性 |
| 6.4 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
（7）丹红杨×通辽1号杨高密度遗传图谱构建及重要经济性状QTLs解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 杨树传统育种研究进展 |
| 1.2.2 分子标记在杨树中的应用 |
| 1.2.3 杨树重要性状遗传改良研究进展 |
| 1.3 研究目标和主要研究内容 |
| 1.3.1 研究目标 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 关键科学问题 |
| 1.4 技术路线 |
| 2 杨树栽培种SSR指纹图谱构建 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因组DNA质量 |
| 2.2.2 多态性SSR标记 |
| 2.2.3 杨树栽培种遗传关系 |
| 2.2.4 指纹图谱构建 |
| 2.2.5 SSR标记和流式细胞分析倍性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 3 丹红杨×通辽1 号杨高密度遗传图谱构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 F_1群体构建 |
| 3.1.2 F_1群体基因组DNA提取 |
| 3.1.3 建库测序及数据过滤 |
| 3.1.4 SNP位点识别和分型 |
| 3.1.5 遗传图谱构建 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 重测序及标记分型 |
| 3.2.2 高密度遗传图谱构建 |
| 3.2.3 遗传图谱质量评估 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 杨树叶片形态和生理性状QTLs分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 叶片形态与生理性状测定 |
| 4.1.3 数据分析 |
| 4.1.4 QTL定位和候选基因功能分析 |
| 4.1.5 实时荧光定量PCR分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 F_1群体叶片性状分析 |
| 4.2.2 叶片形态与生理性状QTLs |
| 4.2.3 QTL区域候选基因 |
| 4.2.4 共表达调控网络和功能富集分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 杨树插穗不定根和茎相关性状QTLs分析 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 不定根和茎相关性状测定 |
| 5.1.3 数据分析 |
| 5.1.4 QTL定位和候选基因功能分析 |
| 5.1.5 RNA提取、文库构建和测序 |
| 5.1.6 差异表达基因和K-means聚类分析 |
| 5.1.7 权重基因共表达网络分析 |
| 5.1.8 实时荧光定量PCR分析 |
| 5.1.9 基因克隆和蛋白结构分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 F_1群体不定根和茎相关性状分析 |
| 5.2.2 不定根与茎相关性状QTL位点 |
| 5.2.3 一因多效位点和重组热点 |
| 5.2.4 测序数据及差异表达基因分析 |
| 5.2.5 不同样本差异表达基因聚类分析 |
| 5.2.6 权重基因共表达网络分析 |
| 5.2.7 不定根和茎相关性状候选基因 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 杨树抗旱性状QTLs分析 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 试验材料 |
| 6.1.2 F_1群体抗旱性状测定 |
| 6.1.3 数据分析 |
| 6.1.4 QTL定位和候选基因富集分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 抗旱性状表型变异 |
| 6.2.2 QTL 定位分析 |
| 6.2.3 干旱处理下QTL区域候选基因分析 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 小结 |
| 7 讨论与结论 |
| 7.1 讨论 |
| 7.2 结论 |
| 7.3 创新点 |
| 7.4 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在读期间的学术研究 |
| 致谢 |
（8）杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.1.1 遗传连锁图谱构建原理 |
| 1.1.2 遗传连锁图谱构建方法 |
| 1.1.3 林木遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.2 数量性状基因(QTL)定位研究进展 |
| 1.2.1 QTL定位原理 |
| 1.2.2 QTL定位方法 |
| 1.2.3 林木QTL研究进展 |
| 1.3 杜仲遗传育种研究进展 |
| 1.3.1 杜仲农艺学研究 |
| 1.3.2 杜仲遗传多样性研究 |
| 1.3.3 杜仲育种研究 |
| 1.3.4 杜仲分子生物学研究 |
| 1.4 本研究的目的、意义和主要内容 |
| 1.4.1 研究目的及意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.5 技术路线 |
| 第二章 杜仲幼叶幼果转录组分析和SSR引物开发 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 2.1.2 转录组测序及数据组装 |
| 2.1.3 测序数据组装及基因功能注释 |
| 2.1.4 萜类生物合成相关基因系统发育分析 |
| 2.1.5 差异表达基因鉴定及分析 |
| 2.1.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 |
| 2.1.7 转录组SSR引物开发 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 杜仲转录组组装和功能注释 |
| 2.2.2 萜类生物合成相关基因分析 |
| 2.2.3 差异表达基因分析 |
| 2.2.4 qRT-PCR验证 |
| 2.2.5 SSR引物开发 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 采样时间确认 |
| 2.3.2 萜类生物合成途径分析 |
| 2.3.3 其它基因挖掘 |
| 2.3.4 SSR基序偏好 |
| 2.3.5 SSR标记多态性 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 杜仲遗传连锁图谱构建 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 3.1.2 SSR检测分析 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SSR标记的分离分析 |
| 3.2.2 杜仲遗传连锁图谱构建 |
| 3.2.3 图谱比对 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 SSR标记偏分离分析 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱构建 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 杜仲重要性状QTLs定位 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料、仪器和试剂 |
| 4.1.2 表型性状的测定 |
| 4.1.3 性状相关性分析 |
| 4.1.4 QTL定位分析 |
| 4.1.5 候选基因预测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 性状调查统计 |
| 4.2.2 性状相关性分析 |
| 4.2.3 QTL分析 |
| 4.2.4 候选基因分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 杜仲F1群体连续十年重要性状分析 |
| 4.3.2 QTL分析 |
| 4.3.3 基因预测 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 杜仲F1代作图群体单株评价及分子标记辅助选择 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料和数据 |
| 5.1.2 优良单株初选 |
| 5.1.3 优良单株复选 |
| 5.1.4 分子标记辅助选择 |
| 5.1.5 优良单株决选 |
| 5.1.6 优树早期选择 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 优良单株初选结果 |
| 5.2.2 优良单株复选结果 |
| 5.2.3 分子标记辅助选择 |
| 5.2.4 优良单株决选 |
| 5.2.5 早期选择 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 杜仲选优标准 |
| 5.3.2 分子标记辅助选择 |
| 5.3.3 早期选择 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 有待进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 缩略词 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）锥栗半同胞子代群体遗传结构及栗疫病抗性变异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 栗属树种遗传多样性研究 |
| 1.1.1 遗传多样性 |
| 1.1.2 栗属树种遗传多样性研究进展 |
| 1.2 栗属树种抗病育种进展 |
| 1.2.1 栗疫病及其危害 |
| 1.2.2 选择育种 |
| 1.2.3 杂交育种 |
| 1.2.4 分子标记辅助选择 |
| 1.2.5 转基因技术 |
| 1.3 锥栗遗传育种研究进展 |
| 1.3.1 锥栗的利用价值 |
| 1.3.2 锥栗遗传育种研究现状 |
| 1.4 林木遗传作图研究进展 |
| 1.4.1 遗传图谱构建及QTL定位 |
| 1.4.2 连锁不平衡作图 |
| 1.5 SSR分子标记技术 |
| 1.5.1 SSR分子标记 |
| 1.5.2 SSR分子标记技术的应用 |
| 1.6 本研究的目的意义 |
| 第二章 锥栗转录组SSR引物的筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 DNA的提取 |
| 2.1.3 SSR引物设计 |
| 2.1.4 SSR引物筛选 |
| 2.1.5 数据处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 转录组SSR引物设计 |
| 2.2.2 转录组SSR引物筛选及通用性 |
| 2.3 结论与讨论 |
| 第三章 锥栗半同胞子代群体的转录组SSR分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 DNA的提取 |
| 3.1.3 SSR分析 |
| 3.1.4 数据处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 遗传多样性 |
| 3.2.2 群体遗传结构 |
| 3.2.3 聚类分析 |
| 3.3 结论与讨论 |
| 第四章 锥栗半同胞子代群体栗疫病抗性及苗期性状的遗传分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 栗疫病抗性的测定 |
| 4.1.3 生长和叶片性状测定方法 |
| 4.1.4 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 栗疫病抗性及苗期性状的变异分析 |
| 4.2.2 方差分析 |
| 4.2.3 遗传参数估算 |
| 4.2.4 相关性分析 |
| 4.2.5 聚类分析 |
| 4.2.6 优良家系的选择 |
| 4.2.7 优良单株的选择 |
| 4.2.8 优良单株的父本鉴定 |
| 4.3 结论与讨论 |
| 第五章 锥栗半同胞子代群体栗疫病抗性及苗期性状与转录组SSR的关联分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 材料 |
| 5.1.2 SSR分析 |
| 5.1.3 表型性状的测定 |
| 5.1.4 数据处理 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 连锁不平衡分析 |
| 5.2.2 关联分析 |
| 5.3 结论与讨论 |
| 第六章 结论与建议 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 建议 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 致谢 |
（10）遗传作图群体中SNP识别软件开发及杨树高密度遗传图谱构建（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 杨树概况 |
| 1.2 DNA分子标记 |
| 1.2.1 RAPD |
| 1.2.2 RFLP |
| 1.2.3 AFLP |
| 1.2.4 SSR |
| 1.2.5 SNP |
| 1.3 第二代测序技术 |
| 1.3.1 二代测序技术的应用 |
| 1.3.2 RAD测序 |
| 1.3.3 二代测序数据分析软件 |
| 1.3.4 识别SNP位点软件 |
| 1.4 遗传连锁图谱构建 |
| 1.4.1 遗传图谱构建原理 |
| 1.4.2 作图策略 |
| 1.4.3 作图群体的选择 |
| 1.4.4 作图群体的大小 |
| 1.4.5 林木作图软件 |
| 1.4.6 林木遗传连锁图谱研究进展 |
| 1.4.7 林木遗传图谱构建存在的问题与发展趋势 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 作图群体中SNP识别软件包开发 |
| 2.1 gmRAD软件包开发策略 |
| 2.1.1 亲本左端序列聚类 |
| 2.1.2 构建每个亲本参考序列 |
| 2.1.3 产生两个亲本的SNP目录 |
| 2.1.4 作图群体中识别子代SNP基因型 |
| 2.1.5 筛选用于连锁作图的SNP数据集 |
| 2.2 gmRAD软件编写 |
| 2.3 软件的安装及使用说明 |
| 2.4 软件测试与比较 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 美洲黑杨和小叶杨遗传图谱构建 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 作图群体 |
| 3.1.2 基因组DNA提取与Illumina测序 |
| 3.1.3 RAD序列质量控制 |
| 3.1.4 SNP识别及基因型分型 |
| 3.1.5 SNP标记排序分析和遗传图谱构建 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RAD测序 |
| 3.2.2 SNP识别、基因型分型及验证 |
| 3.2.3 美洲黑杨和小叶杨遗传图谱构建 |
| 3.2.4 遗传图谱和物理图谱共线性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 构图标记的数量和质量问题 |
| 3.3.2 连锁群标记的排序问题 |
| 3.3.3 连锁图谱总图距问题 |
| 第四章 结论与展望 |
| 4.1 本研究的主要结论 |
| 4.2 本研究的创新点 |
| 4.3 存在的问题及展望 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 参考文献 |
| 附录 |
四、林木遗传图谱的构建及应用（论文参考文献）
- [1]杨树驻芽和萌芽时间QTL定位分析[D]. 赵薇. 南京林业大学, 2021(02)
- [2]灌木柳插穗效应及重要性状的QTL定位[D]. 杨国. 南京林业大学, 2020
- [3]榧树遗传图谱构建及苗期生长性状相关QTL定位研究[D]. 吴昊. 浙江农林大学, 2020
- [4]华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析[D]. 董明亮. 北京林业大学, 2020(01)
- [5]侧柏育种群体种质资源遗传分析与管理利用策略[D]. 金雨晴. 北京林业大学, 2020(01)
- [6]日本落叶松生长和木材化学组分的QTL定位及遗传基础解析[D]. 项伟波. 中国林业科学研究院, 2020
- [7]丹红杨×通辽1号杨高密度遗传图谱构建及重要经济性状QTLs解析[D]. 孙佩. 中国林业科学研究院, 2020(02)
- [8]杜仲遗传连锁图谱重构及重要性状QTLs定位[D]. 靳藏馥. 西北农林科技大学, 2020(02)
- [9]锥栗半同胞子代群体遗传结构及栗疫病抗性变异分析[D]. 吴钧剑. 福建农林大学, 2020
- [10]遗传作图群体中SNP识别软件开发及杨树高密度遗传图谱构建[D]. 姚丹. 南京林业大学, 2019(05)