一、荧光原位杂交(FISH)技术在转基因小鼠检测中的应用（论文文献综述）
曹志林[1]（2020）在《水稻高分辨率三维基因组结构与转录调控研究》文中研究指明真核生物的线性基因组在细胞核内折叠包装成特定的三维结构,参与了DNA复制、DNA修复以及基因转录调控等一系列生物学过程,对于细胞分化、个体发育和生物进化具有重要意义。但是,植物的三维基因组结构及其对生命过程的调控研究还处在起步阶段。水稻是单子叶植物研究的模式,养活了全球近一半的人口,揭示水稻的三维基因组结构及其调控基因转录的机理具有重要的科学意义。近年来,利用Hi-C技术,人们在水稻三维基因组研究中取得了多项重要发现,鉴定了A/B区室结构、拓扑结构域等比较大的基因组空间结构。然而,受限于分辨率不高等因素,利用Hi-C技术,人们很难精确地检测到基因启动子-启动子交互等染色质环的精细三维基因组结构。本研究利用Long-read Ch IA-PET技术,构建了组蛋白修饰H3K9me2介导的水稻珍汕97（ZS97）中的异染色质交互图谱,比较了其与RNA聚合酶II（RNAPII）以及H3K4me3介导的活跃基因的染色质交互之间的关系,并结合水稻的表观基因组数据、转录组数据、遗传变异数据等,来揭示水稻三维基因组结构的特征以及遗传变异对水稻三维基因组结构和基因表达调控的影响。具体研究结果如下:（1）构建了水稻单基因分辨率的三维基因组图谱,可以观察到染色质环等精细基因组空间结构。H3K9me2修饰区域（主要是异染色质区）参与了12,517个染色质相互作用,H3K4me3修饰区域（主要是活跃基因的启动子区）参与了12,887个染色质相互作用,RNAPII介导了26,570个染色质相互作用,其中异染色质交互主要位于着丝粒周边区域,而后两种活跃基因的交互主要位于染色体臂上。（2）通过整合表观基因组和转录组数据,系统分析了三种交互的基本特征。与不参与交互的H3K9me2修饰基因相比,参与交互的H3K9me2修饰基因的表达水平无显着差别,两者表达均很低,同时具有更高TE密度和更宽的H3K9me2结合位点更倾向于参与异染色质交互。而对于活跃基因参与的交互,与没有参与交互的BP基因相比,参与交互的锚定基因几乎都是看家基因,拥有更高比例的水稻种质核心基因和更高的的表达水平,且参与交互的锚定基因对倾向于共表达。（3）提出了水稻染色质空间结构的区室模型,将水稻基因组划分为具有不同转录潜力的5种染色质交互结构域模块（CID）,即:AID（活跃模块）、HID和间隔区（非活跃/弱转录模块）、MID（活跃模块,AID和HID之间的转换模块）以及TID（中等转录模块）。这些CID是比拓扑结构域（TAD）更精细的结构,类似于亚拓扑结构域（sub-TAD）,转录活性的不同取决于参与活跃染色质环形成的锚定基因的比例。这些模块间隔分布在水稻染色体上,覆盖了84%的水稻ZS97的基因组,并组织成相对独立的具有不同生物学功能的转录空间区域。（4）基于水稻ZS97和MH63两个品种间的遗传变异数据,揭示了遗传变异对水稻染色质拓扑结构及基因转录调控的影响。（5）建立了水稻三维基因组显微成像体系。利用三维免疫荧光（3D-IF）以及改进的荧光原位杂交（HCR-FISH）实验,验证了水稻细胞核中发生的高频染色质交互以及交互结构域的存在。
马硕[2]（2020）在《NGS技术在转基因作物分子特征解析中的应用前景分析》文中研究表明分子特征是指转基因植物中外源DNA片段在受体基因组中的整合、表达以及遗传稳定性等方面的信息,主要内容有插入外源基因的拷贝数、插入位点的侧翼序列、插入序列的完整性、是否有载体骨架序列的插入等。分子特征是研发者筛选和鉴别转化体重要依据,也是转基因植物安全评价的主要内容。目前,插入外源基因的拷贝数可以通过Southern杂交、荧光定量PCR或数字PCR等方法进行解析,插入位点和侧翼序列可以通过基于PCR的染色体步移技术获得。这些技术适用于解析外源插入片段整合情况比较简单的转基因作物的分子特征,但对于同一位点插入多个拷贝等复杂整合情况、包含多个外源基因的复合性状转基因作物、以及应用基因编辑和合成生物学等技术研发的新型转基因作物的分子特征的解析往往不够精准。随着DNA测序技术的发展和大数据时代的到来,NGS（Next Generation Sequencing）技术以其高通量、灵敏度高、可操作性强、和可重复性强等特点,为精准解析转基因植物的分子特征提供了新的技术方案。本研究在对NGS测序技术的发展、NGS技术在转基因植物分子特征解析中的应用、以及国外转基因植物安全评价中对高通量测序数据的要求等背景调研的基础上,总结了NGS技术解析转基因作物分子特征的技术方法,对NGS测序和传统方法解析转基因作物分子特征的技术原理与结果进行了系统的比较,并将NGS不同测序平台的测序结果及数据处理方式进行了对比。主要研究内容与结果如下:1.建立了NGS技术解析转基因作物分子特征的技术方法。以转基因抗草甘膦水稻G2-7转化体及其亲本中花11为样本,利用Illumina NovaSeq 6000平台进行全基因组测序,共获得了129.72Gb的测序数据,通过与水稻参考基因组和转基因载体序列的比较,确定了G2-7转化事件的外源基因为单拷贝插入,无质粒骨架的插入,插入位点为水稻Oryza sativa Japonica Group 1号染色体,造成了水稻基因组16 bp的缺失和插入外源DNA参考序列两端共49 bp的缺失,并用序列拼接的方法找到了插入位置左右分别375 bp和353 bp的侧翼序列,证明了使用NGS技术和生物信息学方法相结合的方法,能够为评估转基因植物的安全性提供节省时间和成本的有效方法。2.对整合情况较为复杂的转化体的分子特征解析。用Illumina HiSeq 4000平台对转基因抗草甘膦水稻G2-6转化体及其亲本中花11进行全基因组测序,深度分别为20×、30×、40×、70×,共获得了149.35 Gb的测序数据,用PacBio Sequal平台对抗草甘膦水稻G2-6转化体及其亲本中花11进行全基因组测序,数据量为20 Gb。通过Illumina平台和PacBio平台测序结果结合的方法对G2-6转化体进行了分子特征解析,确定了G2-6转化事件的外源基因为单拷贝插入,无质粒骨架的插入,插入位点为水稻Oryza sativa Japonica Group 8号染色体,造成了水稻基因组31bp的缺失和插入外源DNA参考序列两端共69 bp的缺失,将Illumina和PacBio的测序数据结合分析,获得了传统方法无法获得的插入位点左右两端分别为278 bp和773 bp的侧翼序列,并发现了G2-6转化体3’端的一段482 bp的非预期插入序列,说明PacBio测序平台在解决复杂的外源DNA串联、重复等情况有独特的优势。3.对NGS测序技术在转基因安全评价中的应用过程中的一些技术方法进行了比较,包括不同的测序平台、不同的数据分析软件以及不同测序深度进行了对比,本研究中使用Illumina和PacBio测序结果进行分子特征解析能够得到拷贝数、插入位点、载体骨架插入方面一致的结论,对于复杂转化体的侧翼序列,可以用PacBio测序结合Sanger测序结果进行分析;本研究中对Illumina测序结果分析使用的两种比对分析软件和可视化软件均能得到一致的结论,在软件的选择上可以根据测序数据量及参考序列大小进行选择;在同批次建库测序的条件下,Illumina测序获得的数据量与测序深度成正比,在进行侧翼序列组装时,建议使用30×以上的测序数据,确保接合区获得的数据量充足。以上结果为NGS在转基因作物安全评价中的应用提供了参考。综上,本论文的研究结果表明,NGS技术在解析转基因作物的分子特征方面能够得到与传统方法相当的结果,并且在解析复杂整合体的分子特征时能够克服传统方法的不足,有着更高效、快速的优势。本文为NGS技术在我国转基因生物安全评价中的应用提供了理论支撑。
陈秋惠[3]（2019）在《巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究》文中认为巴西橡胶树（Hevea brasiliensis）是一种大戟科橡胶树属的、多年生的、能生产天然橡胶的热带经济乔木。前人已构建有多张遗传图谱,大多数图谱都分为18条连锁群,而少数分为22或23条不等的连锁群。因此,就会存在多个连锁群对应一条染色体的情况,连锁群上的遗传标记在染色体上的真实位置也尚未清楚。橡胶树分子细胞遗传图谱是研究橡胶树的基因组学和橡胶树遗传发育的重要工具,能够揭示连锁群与染色体的对应关系,遗传标记在染色体上的排布及真实的物理位置,为橡胶树基因克隆和标记辅助育种提供了宝贵的理论依据。本研究选择了 Lespinasse等（2000）构建的巴西橡胶树遗传图谱中的第1 1号、第13号和第14号三个连锁群上的26个遗传标记,其中24个RFLP标记,2个SSR标记。通过荧光原位杂交和原位PCR的定位检测,经核型整合分析,构建了第1 1号、第13号和第14号三个连锁群的分子细胞遗传图。具体研究结果如下:（1）利用生物信息学方法,在NCBI上找到26个标记的DNA序列,并通过NCBI的Blast在线比对,获取含有标记在内的2500-3500bp左右大小的DNA序列进行引物设计,经电泳检测、生物公司PCR产物测序和序列比对等过程,最终筛选出特异性最强的26对引物。（2）利用FISH检测方法对第1 1号连锁群上的4个遗传标记MnSoD、M613、gHbCIR295.PB和gHbCIR636进行物理定位,结果全部定位在巴西橡胶树热研7-33-97第16号染色体上。遗传标记MnSoD和gHbCIR295.PB位于染色体短臂上,标记信号与着丝粒的平均百分距离依次是63.82和46.27;gHbCIR636和M613位于染色体长臂上,标记信号与着丝粒的平均百分距离分别为28.34和65.82。由此可知,第11号连锁群与第16号染色体存在对应关系,并构建了 16号染色体的细胞遗传图谱。（3）从第13号连锁群中选取了 9个遗传标记gHbCIR671.L2、gHbCIR402、gHbCIR506.L2、gHbCIR31、gHbCIR333、gHbCIR287、gHbCIR360、gHbCIR303 和gHbCIR670.PB进行荧光原位杂交实验。经核型分析,9个标记均定位在了巴西橡胶树热研7-33-97第18号染色体上,其中gHbCIR671.L2和gHbCIR31位于18号染色体的短臂上,标记信号与着丝粒平均百分距离分别是57.22和11.27;而余下7个标记 gHbCIR402、gHbCIR506.L2、gHbCIR287、gHbCIR360、gHbCIR333、gHbCIR303和gHbCIR670.PB均位于18号染色体的长臂上,标记信号与着丝粒平均百分距离分别是 8.39、23.51、29.14、40.18、41.65、60.48 和 60.59。由此可知,13 号连锁群与热研7-33-97的第18号染色体对应关系,并构建了 18号染色体的细胞遗传图谱。（4）从第14号连锁群上共选取了 13个遗传标记,gHbCIR686、gHbCIR425、gHbCIR261、gHbCIR682.L2、gHbCIR631.L2、gHbCIR330、gHbCIR412-493、gHbCIR602、gHbCIR20.L1、gHbCIR290、gHbCIR409415 和 gHbCIR644 用 FISH 检测方法,gHbCIR365.L2进行原位PCR检测。结果显示,14号连锁群上的13个遗传标记均位于第12号染色体上,其中gHbCIR686、gHbCIR365.L2、gHbCIR425、gHbCIR261、gHbCIR631.L2位于第12染色体短臂上,信号位点到着丝粒平均百分距离分别是 32.67、44.56、31.53、29.10 和1 1.46;gHbCIR682.L2、gHbCIR330、gHbCIR412493、gHbCIR602、gHbCIR20.L1、gHbCIR290、gHbCIR409415和gHbCIR644位于长臂上,信号位点到着丝粒平均百分距离分别是9.87、45.59、53.82、48.40、53.24、55.24、65.51和75.74。由此可知,第14号连锁群与第12号染色体存在对应关系,并构建了 12号染色体的细胞遗传图谱。
王晓华[4]（2019）在《唐氏综合征现有筛查技术的分析及新标志基因的筛选》文中指出唐氏综合征（Down syndrome,DS）,又名21三体综合征或先天愚型,是发现最早、最重要的染色体病,也是最常见的严重出生缺陷病之一[1]。该病的新生儿发病率在1.25‰左右,目前还没有有效的治疗方法,出生后给家庭及社会造成巨大的经济负担和精神损害,所以预防患儿出生为临床主要策略。目前在该病的预防上临床应用主要以血清学筛查技术在孕早、中期进行筛查,再通过羊水、绒毛穿刺等细胞遗传学技术来确诊。但是这种应用流程存在筛查率较高、诊断率较低等问题。因此,本研究的重点是对现有筛查诊断技术进行梳理,研究各类筛查诊断技术在唐氏综合征预防中的适用范围及检测指征,并从转录组水平探索新的筛查途径,以寻找新的筛查因子,为今后建立更为有效的筛查诊断方法提供理论依据。一、唐氏综合征常用筛查方法的性能分析本研究通过对临床上所有入组孕妇进行孕中期血清学筛查检测,对高危孕妇（包括高龄、超声异常、筛查高风险等）群体实施无创胎儿基因检测（non-invasive prenatal testing,NIPT）筛查,应用羊水穿刺染色体核型分析作为诊断标准,辅助荧光原位杂交技术（interphase fluorescence in-situ hybridization,FISH）和微阵列基因芯片技术（chromosomal microarray analysis,CMA）进行补充诊断,研究结果显示如下:1、对41267例孕妇进行血清学筛查,筛出阳性孕妇1621例,初筛阳性率3.93%。最终554例孕妇（34.18%）接受了羊水穿刺检测,诊断21三体患者37例,确诊率为6.68%。血清学筛查操作简便且易于推广,孕妇群体接受率最高,达94.09%,但是筛查效率较低,阳性预测值仅为1.32%。2、对2667例孕妇进行NIPT筛查,初筛阳性19例,初筛阳性率7.12%。初筛阳性孕妇均接受了羊水穿刺检查,确诊21三体患者18例,确诊率为94.73%,确诊率提高了14.18倍。NIPT筛查效率较高,阳性预测值高达94.74%。但是NIPT筛查技术实验难度大,费用较高,难于用于普筛,知情同意率仅为21.97%。3、利用诊断金标准的羊水细胞培养技术,统计237例标本,结果失败3例,检测失败率为1.27%,漏诊1例非整倍体型21三体。该技术培养周期较长,平均时间为21d,且实验技术不易掌握,需要分子学检测技术进行补充。4、统计FISH技术与羊水穿刺技术同时检测的237例标本,FISH技术检测成功率100%,检测周期2448h。弥补了羊水穿刺培养时间长、培养失败率高的问题。但FISH技术漏检1例嵌合型21三体,存在应用范围较为局限等缺点。5、利用CMA技术与羊水穿刺技术同时检测了60例羊水标本,CMA检测出7例21三体,包括1例羊水穿刺技术漏诊的非整倍体型21三体,相对羊水穿刺技术提高了1.66%的阳性诊断率,具有更高的分辨率和敏感性。但CMA对检出的一些染色体拷贝数的微缺失和微重复,临床难以判读和解释,因此只能作为诊断的补充手段。二、妊娠唐氏综合征的孕妇血液及胎盘转录组学研究上述分析结果显示,目前的筛查诊断技术虽可相互补充,但各有局限,依然不能彻底解决诊断率低的问题。基因组测序技术的快速发展为更有效的筛查诊断方法的建立提供了一种新的途径。因此本研究进一步选取妊娠21三体患儿的高龄孕妇、妊娠21三体患儿低龄孕妇、高龄对照和低龄对照四类人群的血液和胎盘进行转录组测序,在转录组水平上筛选与唐氏综合征发病可能相关的基因。1、转录组测序共获得30.07Gb数据,Clean Reads所占比例为98.15%,转录组测序数据达标。结果分析各组基因差异表达较为明显,血液分组中21三体高龄组与健康高龄组之间的差异表达基因个数多于21三体低龄组与健康低龄组之间的差异表达基因个数;胎盘分组中21三体低龄组与健康低龄组之间的差异表达基因个数多于21三体高龄组与健康高龄组之间的差异表达基因个数;胎盘四组之间以及血液组中的高龄组之间,差异表达基因都是以上调居多。疾病组高龄与低龄之间胎盘组织的差异表达基因多于血液。2、比较得到的所有表达差异基因进行GO功能分析。患病组与健康组比较,血液和胎盘两类样品的所有差异基因共富集出3987条GO term,其中生物过程3102条,细胞组分336条,分子功能549条。四组比较共同富集出的条目有138条,其中生物过程87条,细胞组分35条,分子功能16条。3、通过KEGG分类,四组共富集104条通路。妊娠21三体与健康组之间显着富集3条,分别是:补体和凝血级联、疟疾和ECM-受体相互作用信号通路。高龄组血液和胎盘特异富集4条,分别是尼古丁成瘾、环磷酸腺苷、心肌细胞肾上腺素能与醛固酮的合成和分泌信号通路。低龄组血液和胎盘特异富集2条,分别是自身免疫性甲状腺疾病和花生四烯酸代谢信号通路。4、筛选出高龄21三体（血液、胎盘）重点相关的基因有4个,分别为:CRIP2、NR4A1、PFKFB3和FAM118A。低龄21三体（血液、胎盘）重点相关的基因有2个,分别为:HLA-DRB5和GNLY。21三体血液（高龄、低龄）重点相关的基因有2个,分别为:FCGR3B和HLA-DRB4。经q-PCR验证认为这些基因的表达水平与转录组测序结果一致。5、选择上述8个基因经过临床样本的验证,其中的四个基因CRIP2、NR4A1、HLA-DRB5和HLA-DRB4可以作为备选基因,为进一步研究唐氏综合征的无创检查提供了新的潜在标志物。
李莎[5]（2017）在《石刁柏DNA Fiber-FISH技术体系的建立及应用》文中指出DNA纤维荧光原位杂交（Fiber fluorescence in situ hybridization,Fiber-FISH）在高分辨率物理图谱构建、精细定位、特定序列分析、染色体演化等研究方面具有重要的应用价值。尤其是将Fiber-FISH与免疫荧光杂交技术相结合,能够从染色体水平进行基因组甲基化、组蛋白修饰等表遗传学研究。植物的性染色体起源于一对常染色体,并且随着反转座子等重复序列的累积而逐渐异染色质化和异型化,分析这些重复序列在性染色体上插入的位置模式及插入后引起的染色体表观结构变化,对揭示性染色体起源及演化过程具有重要的理论意义。但是常规的中期染色体荧光原位杂交分析由于分辨率低难以实现该目的。因此,本文以雌雄异株植物石刁柏（2n=20,雌雄异株）为材料,通过关键技术细节的优化建立了石刁柏DNA Fiber制备技术,为进一步从细胞学水平研究石刁柏性染色体起源及演化机制提供技术支持。主要研究结果如下:1、为了获得稳定性高的石刁柏DNA Fiber标本,以石刁柏不同时期黄化苗为材料,对DNA Fiber制备技术的细胞核提取方法、黄化苗培养时间、DNA Fiber拉伸方法等关键技术细节进行了优化。结果表明,取2 g发育7 d的黄花苗采用“刀切法”进行组织破碎,破碎后进行细胞核提取所获得的细胞核效果最好,杂质少、细胞核完整,用20μl的悬浮液稀释细胞核,最终细胞核密度约为5×106-7个/ml,宜进行后续DNA Fiber的制备。DNA Fiber拉伸方法比较后发现,载玻片前端引流法制备的DNA Fiber伸展平直、分布均匀、无交叉重叠、无断裂且较为完整。2、为了检测制备的石刁柏DNA Fiber的分辨率,本研究构建了石刁柏雄性基因组fosmid文库。随机挑取35个fosmid克隆进行诱导和扩增,提取质粒进行石刁柏中期染色体定位与筛选。结果表明,其中3个克隆定位于所有染色体着丝粒位置,1个定位于第8号染色体的短臂末端位置。将筛选到的4个特异fosmid克隆进行Fiber-FISH分辨率检测发现,Fiber上均可以杂交出清晰的信号,其中定位于第8号染色体的fosmid克隆在DNA Fiber上杂交信号的平均长度为15.1μm,定位于着丝粒位置的其他3个fosmid克隆在DNA fiber上信号平均长度分别为12.8μm、12.6μm和11.9μm。根据fosmid克隆的插入片段约为40 kb,因此计算出本研究所获得的DNA Fiber的分辨率是3.1 kb/μm。3、为了检测所获得的DNA Fiber的分辨率及质量,分别以基因组、45S rDNA与5S rDNA为探针进行了DNA Fiber-FISH检测。结果表明,基因组序列在DNA Fiber上呈现连续念珠状杂交信号。45S rDNA与5S rDNA的在DNA Fiber上呈现非连续念珠状杂交信号。其中,45S rDNA杂交信号长度平均约为465μm,5S rDNA平均长度约为79.2μm。根据本研究所获得的DNA Fiber分辨率为3.1 kb/μm,计算的5S rDNA平均长度为245.52kb,拷贝数约为762。4、为了建立DNA Fiber甲基化分析技术体系,本研究对DNA甲基化5-甲基胞嘧啶抗体浓度、杂交时间、洗涤温度和时间等技术环节进行了优化,建立了稳定的基于DNA Fiber的甲基化检测技术体系。杂交结果表明,DNA Fiber上能够杂交出甲基化信号,且甲基化信号呈现不均匀的分布,表明所建立的基于DNA Fiber的甲基化检测技术体系较为稳定可靠,也说明在基因组不同区域DNA的甲基化水平是有差异的。
胡丽萍[6]（2013）在《扇贝的染色体作图及系统进化分析》文中提出1．栉孔扇贝染色体识别技术的建立本研究应用荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）技术，通过开发染色体特异分子标记，首次实现了栉孔扇贝所有染色体的识别，并在此基础上构建了栉孔扇贝的染色体图谱，首次对栉孔扇贝微卫星遗传连锁图谱和染色体图谱进行了初步整合。主要结果如下：（1）通过三维两步PCR筛选系统，选取分布于栉孔扇贝微卫星遗传连锁图谱19个连锁群上的42个微卫星标记对本实验室构建的栉孔扇贝BAC文库进行克隆筛选，应用FISH技术对筛选到的阳性克隆进行染色体定位，最终成功实现32个含有微卫星标记BAC克隆的定位。其中30个标记克隆可在染色体上产生稳定、单一的荧光信号，另外2个克隆的定位信号出现在多条染色体上。30个具有单一染色体定位的标记在连锁群上的分布为：12个连锁群上分别被成功定位2个标记；6个连锁群上分别被成功定位1个标记。对位于同一连锁群的标记采用双色FISH技术进行共杂交检验及核型分析，结果显示：位于同一连锁群且被定位于同一染色体上的标记有16个，分别位于8个连锁群上；位于同一连锁群但被定位于不同染色体上的标记有8个，分别位于4个连锁群上。通过对位于不同连锁群上标记间的共杂交，结果表明：较小的连锁群LG16和LG18可以分别与较大的连锁群LG6和LG8整合到一起。（2）应用FISH技术，从96个BAC克隆和27个fosmid克隆中筛选获得可产生染色体单一信号位点的克隆标记69个。凭借多重双色FISH，从中筛选出15个具有无/低背景的克隆标记，构建了一套可用于区分所有形态相似的亚中部和亚端部着丝粒染色体的染色体特异标记。在所有染色体被识别的基础上，通过FISH共杂交及核型分析技术，构建了一张包含70个标记且覆盖19条染色体的栉孔扇贝染色体定位模式图。该图谱包含58个BAC克隆，11个fosmid克隆以及1个5S rRNA基因序列。其中58个BAC克隆中包括30个含有SSR标记信息，2个含有基因相关信息，和26个随机筛选克隆；11个fosmid克隆中包括7个含有重复序列信息和4个含有不同基因序列信息的克隆。栉孔扇贝每条染色体上的特异位点标记数目从1个到8个不等，平均为3.7个。该图谱将会在栉孔扇贝全基因组序列拼接，图位克隆，QTL定位等多个研究方面发挥重要作用。2．重复序列在几种扇贝染色体上的比较定位分析（1）C0t-1DNA的比较定位：将来自栉孔扇贝的C0t-1DNA通过FISH技术分别杂交到栉孔扇贝，虾夷扇贝以及海湾扇贝的中期分裂相染色体上，结果显示：C0t-1DNA在三种扇贝的所有染色体上均有分布，但信号的分布密度和强度有明显差异。在栉孔扇贝绝大多数染色体的着丝粒，近着丝粒，以及近端粒位置丛生有密集且非常明亮的荧光信号。在虾夷扇贝中，仅在少数染色体的着丝粒及靠近着丝粒的长臂区域观察到有较强的丛生明亮信号。而在海湾扇贝中，几乎没有这种密集明亮信号的分布。这种全基因组范围重复序列的比较定位分析表明，相比栉孔扇贝与海湾扇贝，栉孔扇贝和虾夷扇贝的重复DNA序列具有相对更高的同源性，该两种扇贝可能具有更近的亲缘关系。另外，由于C0t-1DNA在栉孔扇贝的同源染色体上呈现出相似的荧光信号带型，而在非同源染色体上表现较明显的差异，据此我们对栉孔扇贝进行了较为准确的核型分析。（2）重复序列-rDNA的染色体定位：对华贵栉孔扇贝和紫扇贝的核糖体基因进行染色体的FISH定位，结果显示：在华贵栉孔扇贝中，18S-28S rDNA具有一个信号位点，位于最大的1对中部着丝粒染色体的着丝粒位置；5S rDNA产生两个信号位点，分别位于两对端部着丝粒染色体的长臂中间和长臂端部位置。在紫扇贝中，18S-28S rDNA拥有多个信号位点，分别位于6～7对亚端部或端部着丝粒染色体的短臂上；5S rDNA具有两个信号位点，它们位于同一对端部（或亚端部）着丝粒染色体长臂中间的邻近位置。对两种rDNA的共杂交结果显示：两种扇贝的18S-28S rDNA和5S rDNA均位于不同的染色体上。结合华贵栉孔扇贝的核型及其18S-28S rDNA的定位结果，推测该扇贝染色体可能在进化过程中发生过罗伯逊融合。而紫扇贝多个18S-28S rDNA位点的产生则可能是在进化过程中发生了染色体的非相互易位。两种扇贝的两种rDNA均不在相同的染色体上，说明在进化过程中载有核糖体DNA的染色体可能发生过断裂或（和）易位。3．扇贝科多个物种的分子系统进化分析通过克隆测序获得了7个扇贝物种（海湾扇贝、紫扇贝、平濑掌扇贝、褶纹肋扇贝、新加坡掌扇贝、大西洋深水扇贝、太平洋花扇贝）的核糖体转录间隔区（ITS）序列，序列分析表明，7种扇贝的ITS区域总长从685bp（大西洋深水扇贝）到732bp（太平洋花扇贝）不等，GC含量从46.7%（紫扇贝）到52.7%（褶纹肋扇贝）不等。所有物种的5.8S rDNA区域长度均为157bp，且GC含量值相比ITS1和ITS2区域的都要高；所有测序扇贝的ITS1和ITS2长度均相当，且GC含量均为ITS2高于ITS1。结合GenBank中已发表扇贝物种的ITS序列，对在全球不同海域分布的21个扇贝物种进行了系统发生关系的研究。在根据ITS1和ITS2结合序列构建的NJ分子系统树中，大西洋深水扇贝单独成为一枝，其余所有扇贝物种形成两个大的分枝。其中一枝包括紫扇贝、太平洋花扇贝、海湾扇贝、日月贝、欧洲大扇贝、女王扇贝、美丽环扇贝、褶纹肋扇贝和Decatopectenradula共9个扇贝物种，其中同属海湾扇贝属的紫扇贝、太平洋花扇贝和海湾扇贝具有很近的亲缘关系，尤其是紫扇贝和太平洋花扇贝之间的遗传距离与紫扇贝种内遗传距离甚至存在重叠，表明该两种扇贝可能属于亚种的关系；另外的一枝包括了栉孔扇贝、虾夷扇贝、Semipallium fulvicostata、6种Mimachlamys属扇贝（M. varia、C. distorta、M. pyxidatus、华贵栉孔扇贝、M. senatoria、M. sp. TN-2006）和2种掌扇贝属扇贝（平濑掌扇贝和新加坡掌扇贝）。MP系统树与NJ树的聚类结果基本相似，但也有一些差异，尤其是对大西洋深水扇贝的聚类结果。本研究对扇贝物种的系统分析结果与根据双壳贝类形态学的分类结果以及根据线粒体基因的系统发生学研究结果基本一致。以上分析结果不仅使我们对不同扇贝间的亲缘关系远近有更清晰的认识，还可以为扇贝不同近缘物种间的杂交育种尝试提供理论指导。4．紫扇贝和海湾扇贝杂交子代的细胞与分子遗传学分析紫扇贝与海湾扇贝已成功获得杂交，且其杂交子代表现出明显的杂种优势。为了更好的理解该杂种优势产生的遗传基础，本研究采用GISH，AFLP，SSR，DNA测序等细胞和分子生物学手段对这两种扇贝正反交子代的基因组组成和变异进行了遗传学分析。主要结果如下：（1）对紫扇贝和海湾扇贝的正反杂交子代幼虫进行GISH检测，结果表明绝大多数的子代基因组中包含32条染色体，且其中一半可被紫扇贝的基因组探针标记上，另一半可被海湾扇贝的基因组探针标记上，因而表明该杂交子代分别继承了两亲本各一套的染色体，是真正精卵结合水平的杂交种。另外，实验中还检测到有少数的染色体丢失及异源多倍体的分裂相。（2）采用AFLP，SSR及DNA测序技术对正反杂交子代成体扇贝的遗传组成和变异进行研究。ITS序列扩增和AFLP分析结果均表明：杂交子代继承了来自双亲的绝大多数核遗传物质，充分确定了该杂交成体扇贝是真正的杂交种。但在杂种的ITS序列分析中还检测到了两亲本组合型的ITS变异中间体，AFLP分析中也检测到了少数AFLP位点的变异，这些均表明子代对双亲遗传物质的继承并不是父本和母本遗传物质的简单叠加，而是在继承双亲特异位点的同时，还有少量位点的变异。另外，群体遗传分析数据表明，杂交子代群体的遗传相似度降低，杂合度水平升高，杂种群体的遗传多样性增加，在遗传关系上正反杂交子代略偏向于各自的母本。16S rDNA序列分析表明，正反杂交子代中的该基因序列分别与其母本中的序列同源，揭示了线粒体基因在该杂交扇贝中是遵循母性遗传的。以上结果将对正确认识该两种扇贝的杂交甚至其它海洋贝类杂交育种和杂种优势的利用有重要意义。
张小娟[7]（2013）在《转1Dx5基因小麦后代遗传特性初步研究》文中研究说明该研究以转1Dx5基因小麦B73-6-1和B72-8-11b后代中高分子量麦谷蛋白亚基（HMW-GS）表达显着差异的不同突变单株的各世代群体为研究材料，对其外源目的基因遗传与表达的稳定性及可能产生的其他非目的性状的变异等进行研究。初步探究转基因小麦不同突变类型后代的遗传特性，旨在为利用基因工程途径获得新种质并成功应用到生产中奠定理论基础。本研究取得的主要研究结果如下：（1）外源基因及突变HMW-GS遗传与表达的稳定性：以突变单株各世代（T8、T9、T10）群体中不同株系叶片与成熟籽粒为材料，采用PCR和SDS-PAGE技术，扩增目的基因核心片段，分析HMW-GS表达情况。结果表明：外源基因在不同突变类型各世代中稳定遗传表达，且不同突变类型中的突变HMW-GS也能稳定表达。（2）低分子量麦谷蛋白亚基（LMW-GS）表达分析：以突变单株各世代（T8、T9）群体中不同株系的成熟籽粒为材料，采用优化后SDS-PAGE技术，分离B73-6-1和B72-8-11b不同突变类型与其受体的LMW-GS，筛选低分子量麦谷蛋白信号区的突变亚基。结果显示：B73-6-1三种突变类型与L88-6相比在低分子量麦谷蛋白信号区出现了突变亚基，而B72-8-11b无突变亚基。（3）农艺性状分析：以不同突变单株各世代（T8、T9）群体中不同株系为材料，采用田间农艺性状调查方法，分析其主要农艺性状差异。结果显示，L88-6与B73-6-1三种不同突变类型在株高、千粒重方面存在显着性差异，第一种突变与其他两种突变类型在株高、千粒重方面存在显着性差异。L88-31与B72-8-11b三种不同突变类型在各种农艺性状方面都存在显着性差异；三种不同突变类型间也存在显着差异。（4）染色体核型分析：以不同突变单株及受体籽粒为材料，采用优化后染色体制备方法，对其进行核型分析。结果可知：B73-6-1和B72-8-11b不同突变类型与其受体的染色体核型公式为:2n=6x=42=34m（4SAT）+8sm；核型参数比较，其染色体无论是相对长度还是臂比值都没有显着差异。（5）通过荧光原位杂交技术对1Dx5基因进行染色体拟定位，结合小麦核型分析结果，可初步判定外源1Dx5基因定位在B73-6-1的D组染色体上。
杨继山,潘庆杰,董晓[8]（2010）在《转基因动物检测方法的研究进展》文中研究指明转基因动物检测方法随着转基因产品的逐步产业化而受到越来越多的关注。对转基因动物的检测分别从DNA、转录、翻译和整体表型的水平进行了综述,讨论了目前检测方法中存在的问题,对未来检测技术的发展前景进行了展望。
杨再洁[9]（2010）在《异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱的构建》文中研究说明荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization, FISH）技术发展至今已成为分子细胞遗传学研究的一项重要工具。本文成功开发了棉花粗线期染色体的BAC-FISH技术体系,并在该技术体系的基础上,对异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体进行了构建物理图谱研究。主要研究结果如下：1、棉花粗线期染色体荧光原位杂交技术体系的建立：选取大小适宜的花蕾,将其在室温下固定于卡诺试剂中,经过检测,将处于适宜时期的花药放入较高浓度的酶溶液（2%）中进行酶解,同时延长酶解时间（5-6h）,并在热盘上进行压片,通过这些方法改进,成功制备出适用于FISH技术的四倍体棉花粗线期染色体制片。在此基础上,本研究还系统地分析了棉花有丝分裂中期和粗线期染色体的分辨率和灵敏度这两个重要指标,这是国际上的首次报道。结果显示：棉花粗线期荧光原位杂交技术能够清晰识别在四倍体棉花遗传图谱上相对遗传距离为0.6cM的相邻靶DNA,并且,能够辨别长度为3kb的低拷贝靶DNA,比有丝分裂中期染色体荧光原位杂交技术具有显着的优越性,在此基础上,成功建立了棉花粗线期染色体荧光原位杂交技术体系。2、棉花粗线期染色体的荧光原位杂交技术体系的应用：在棉花粗线期染色体荧光原位杂交技术体系成功建立的基础上,构建了异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱。通过选择12A、12D连锁图谱上的特异SSR引物,利用这些引物对陆地棉TM-1和恢复系0-613-2R BAC文库进行筛选,将得到的阳性BAC克隆进行FISH杂交验证后,将产生清晰FISH信号的阳性BAC克隆用于构建异源四倍体棉花粗线期染色体细胞遗传图谱；并将构建的12A、12D部分同源染色体细胞遗传图谱与连锁图谱进行了比较分析,结果显示：被测遗传标记在细胞图与连锁图谱中的顺序与位置具有很高的一致性；同时发现12A、12D部分同源染色体近着丝粒区域的标记之间在细胞遗传图谱与连锁图谱之间存在较大偏差,分析显示这一区域包含大量异染色质,基因重组受到抑制。总之,以粗线期染色体为基础的高分辨率的细胞遗传图谱的构建为棉花基因组研究具有独特的优势,特别是对基因组复杂的多倍体植物的染色体结构与进化研究以及基因组测序都具有非常重要的意义。
王智新[10]（2009）在《荧光原位杂交技术在基因定位中的应用》文中研究指明荧光原位杂交技术自产生之日起,由于具有其他技术所不具有的优越性,因此发展迅速,应用极为广泛。本文综述了荧光原位杂交技术的产生、基本过程、基本方法、优点及在基因定位中的主要应用。
二、荧光原位杂交(FISH)技术在转基因小鼠检测中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、荧光原位杂交(FISH)技术在转基因小鼠检测中的应用（论文提纲范文）
（1）水稻高分辨率三维基因组结构与转录调控研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTACT |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 表观遗传学 |
| 1.2.1 DNA甲基化的分布及功能 |
| 1.2.2 组蛋白修饰的分布及功能 |
| 1.3 三维基因组学研究 |
| 1.3.1 染色体疆域 |
| 1.3.2 区室 |
| 1.3.3 拓扑结构域 |
| 1.3.4 染色质环 |
| 1.4 三维基因组学研究方法 |
| 1.4.1 染色质显微成像技术 |
| 1.4.2 基于接近连接的方法 |
| 1.4.3 不依赖于接近连接的方法 |
| 1.5 植物三维基因组学 |
| 1.5.1 植物染色体疆域 |
| 1.5.2 植物染色体区室 |
| 1.5.3 植物拓扑结构域 |
| 1.5.4 植物染色质环 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 水稻材料 |
| 2.1.2 抗体 |
| 2.1.3 菌株和载体 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 水稻种植 |
| 2.2.2 染色质免疫共沉淀 |
| 2.2.3 配对末端标签分析染色质交互技术(Ch IA-PET) |
| 2.2.4 免疫荧光 |
| 2.2.5 水稻高质量基因组DNA的提取 |
| 2.2.6 水稻Cot1 DNA的制备 |
| 2.2.7 BAC文库DNA的制备 |
| 2.2.8 荧光原位杂交 |
| 2.2.9 HCR-FISH |
| 2.2.10 水稻原生质体的制备和瞬时转化 |
| 2.2.11 双荧光素酶分析系统 |
| 2.2.12 其它数据 |
| 2.2.13 三维基因组数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 水稻ZS97中异染色质交互的基本特征 |
| 3.2 ZS97中活跃基因参与的染色质交互数据的可靠性 |
| 3.3 活跃基因启动子-启动子交互的基本特征 |
| 3.4 参与空间交互的活跃基因共表达 |
| 3.5 启动子-启动子交互环区域的表观基因组特征 |
| 3.6 RNAPII相关的染色质交互的基本特征 |
| 3.7 活跃基因参与的交互协同转录调控 |
| 3.8 多尺度的ZS97三维基因组图谱的构建 |
| 3.9 染色质交互结构域的分布及相互关系 |
| 3.10 染色质交互结构域的特征 |
| 3.11 水稻染色质空间结构的区室模型 |
| 3.12 CID是较TAD更为精细的基因组空间结构 |
| 3.13 增强子类启动子的实验验证 |
| 3.13.1 DLR载体的构建 |
| 3.13.2 增强子类启动子的双荧光素酶系统实验验证 |
| 3.14 三维基因组显微成像体系的建立 |
| 3.14.1 基于免疫荧光实验鉴定染色质交互结构域 |
| 3.14.2 基于FISH实验检测重复序列之间的交互 |
| 3.14.3 基于BAC FISH检测单拷贝基因之间的交互 |
| 3.14.4 基于HCR FISH检测单拷贝基因之间的交互 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录 Ⅰ 附图 |
| 附录 Ⅱ 附表 |
| 附录 Ⅲ 部分实验详细方法步骤 |
| 附录 Ⅳ 研究成果 |
| 致谢 |
（2）NGS技术在转基因作物分子特征解析中的应用前景分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 转基因作物发展概况与安全评价 |
| 1.1.1 转基因作物全球发展概况 |
| 1.1.2 中国转基因作物发展概况 |
| 1.1.3 转基因作物安全评价与分子特征 |
| 1.2 传统的分子特征解析方法 |
| 1.2.1 外源基因整合拷贝数分析 |
| 1.2.2 插入位点、侧翼序列分析 |
| 1.3 NGS测序技术简介、应用与研究进展 |
| 1.3.1 DNA测序技术的发展 |
| 1.3.2 NGS技术的应用 |
| 1.3.3 NGS技术在转基因作物安全评价中的应用研究进展 |
| 1.3.4 国际上转基因作物安全评价对NGS数据的接受度 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 质粒与植物材料 |
| 2.1.2 酶和试剂 |
| 2.1.3 实验仪器 |
| 2.1.4 测序平台 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA测序样品的制备 |
| 2.2.2 全基因组测序文库构建 |
| 2.2.3 测序原始数据与质量控制 |
| 2.2.4 测序数据与参考基因组的比对 |
| 2.2.5 序列可视化 |
| 2.2.6 外源基因拷贝数及整合位点侧翼序列分析 |
| 2.2.7 转基因水稻侧翼序列验证PCR |
| 2.2.8 转基因水稻载体骨架插入验证PCR |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 NGS解析转基因抗草甘膦水稻G2-6、G2-7的分子特征 |
| 3.1.1 NGS解析转基因作物分子特征的技术流程 |
| 3.1.2 水稻G2-7的分子特征解析 |
| 3.1.3 水稻G2-6的分子特征解析 |
| 3.2 NGS不同测序平台之间的比较 |
| 3.2.1 Illumina平台与PacBio平台测序文库的构建的差异比较 |
| 3.2.2 Illumina平台与PacBio平台测序数据的比较 |
| 3.3 Illumina平台测序深度差异在水稻G2-6 分子特征解析中的影响 |
| 3.4 不同分析软件对Illumina测序数据比对结果的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 NGS技术与传统方法在转基因安全评价中的应用比较 |
| 4.2 NGS测序技术解析转基因作物分子特征的特点 |
| 4.3 PacBio Sequal测序成为复杂转化体分子特征解析的有效手段 |
| 4.4 NGS数据分析有多种成熟有效的解决方案 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 附录 B |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 橡胶树种质资源和品种选育 |
| 1.2 巴西橡胶树遗传图谱的研究进展 |
| 1.2.1 遗传图谱概述 |
| 1.2.2 遗传标记分类 |
| 1.2.3 巴西橡胶树分子遗传图谱的构建及研究现状 |
| 1.3 细胞遗传图谱的研究进展 |
| 1.3.1 细胞遗传图谱概述 |
| 1.3.2 细胞遗传图谱在植物中的应用 |
| 1.3.3 巴西橡胶树细胞遗传图谱的研究进展 |
| 1.4 分子细胞遗传图谱构建的几种关键技术 |
| 1.4.1 荧光原位杂交的应用及研究进展 |
| 1.4.2 原位PCR技术的研究进展 |
| 1.4.3 植物染色体核型分析 |
| 1.4.4 染色体标本制备方法及研究现状 |
| 1.5 本研究的目的意义与及技术路线 |
| 1.5.1 目的意义 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 生化试剂 |
| 2.1.3 主要器材 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 橡胶树染色体标本的制备 |
| 2.2.2 橡胶树基因组DNA的提取及检测 |
| 2.2.3 特异性引物的设计、合成和筛选 |
| 2.2.4 特异性引物的PCR反应体系和扩增程序 |
| 2.2.5 特异性条带回收纯化 |
| 2.2.6 序列比对 |
| 2.2.7 荧光原位杂交探针的制备 |
| 2.2.8 原位PCR操作流程 |
| 2.2.9 荧光原位杂交操作流程 |
| 2.2.10 染色体上信号位点的位置计算 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 巴西橡胶树热研7-33-97基因组DNA的提取和纯度的检测 |
| 3.2 26个遗传标记特异序列的PCR扩增与测序比对结果 |
| 3.3 巴西橡胶树11号连锁群的4个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.3.1 M613和MnSoD遗传标记的物理定位结果 |
| 3.3.2 gHbCIR295.PB和gHbCIR636遗传标记的物理定位结果 |
| 3.4 巴西橡胶树13号连锁群的5个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.4.1 gHbCIR333遗传标记的物理定位结果 |
| 3.4.2 gHbCIR402和gHbCIR506.L2遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5 巴西橡胶树14号连锁群的9个遗传标记的物理定位分析 |
| 3.5.1 gHbCIR365.L2遗传标记原位PCR检测的物理定位结果 |
| 3.5.2 gHbCIR425遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.3 gHbCIR602遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.4 gHbCIR330和gHbCIR412_493遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.5 gHbCIR261和gHbCIR20.LI遗传标记的物理定位结果 |
| 3.5.6 gHbCIR290和gHbCIR409_415遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6 巴西橡胶树13号和14号连锁群8个遗传标记的双探针物理定位分析 |
| 3.6.1 gHbCIR671.L2和gHb_CIR644遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.2 gHbCIR631.L2和gHbCIR670.PB遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.3 gHbCIR686和gHbCIR31遗传标记的物理定位结果 |
| 3.6.4 gHbCIR682.L2和gHbCIR360遗传标记的物理定位结果 |
| 3.7 巴西橡胶树连锁群的物理定位与其对应染色体的整合 |
| 4 讨论 |
| 4.1 染色体标本制备过程中的优化 |
| 4.2 橡胶树幼叶的采摘和适于制片时间的讨论 |
| 4.3 荧光原位杂交(FISH)注意事项的讨论 |
| 4.4 遗传标记在连锁群与染色体上位置关系的讨论 |
| 4.5 对含有已定位遗传标记的基因组scaffold的染色体归属问题的讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附图1 |
| 附图2 |
| 附图3 |
| 附图4 |
| 附图5 |
| 附图6 |
| 附图7 |
| 附图8 |
| 附图9 |
| 附图10 |
| 附图11 |
| 附图12 |
| 附图13 |
| 附图14 |
| 附图15 |
| 附图16 |
| 附图17 |
| 附图18 |
| 附图19 |
| 附图20 |
| 附图21 |
| 附图22 |
| 附图23 |
| 附图24 |
| 附图25 |
| 附图26 |
| 附录Ⅰ 主要试剂的配制 |
| 附录Ⅱ 缩略语 |
| 附录Ⅲ 项目来源与硕士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（4）唐氏综合征现有筛查技术的分析及新标志基因的筛选（论文提纲范文）
| 摘要 ABSTRACT 缩略词表 第一章 文献综述 分子生物学技术在唐氏综合征诊断中的应用 |
| 引言 |
| 1 Down综合征的症状及核型分类 |
| 2 唐氏综合征的传统产前诊断方式 |
| 3 快速分子遗传学检测技术在唐氏综合征检测中的应用 |
| 4 新一代测序技术在唐氏综合征检测中的应用 第二章 唐氏综合征常用筛查方法的性能分析 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 血清学筛查结果 |
| 2.2 NIPT筛查结果 |
| 2.3 羊水染色体核型诊断结果 |
| 2.4 FISH检测结果分析 |
| 2.5 CMA检测结果分析 |
| 2.11 血清学筛查、FISH、NIPT、CMA和核型分析的比较结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 血清学筛查在唐氏综合征检测中的应用价值 |
| 3.2 NIPT技术在唐氏综合征筛查中的应用价值 |
| 3.3 羊水穿刺技术在唐氏综合征诊断方面的优势及劣势 |
| 3.4 FISH检测技术应用在唐氏综合征诊断方面的优势及劣势 |
| 3.5 CMA检测技术应用在唐氏综合征诊断方面的应用 |
| 3.6 血清学筛查、FISH、NIPT、CMA和核型分析优缺点的比较结果 第三章 妊娠唐氏综合征孕妇血液及胎盘转录组学研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 孕妇血液和胎盘RNA提取检测结果 |
| 2.2 测序及数据过滤结果 |
| 2.3 参考基因组比对结果 |
| 2.4 测序样本比对基因位置的随机性评估结果 |
| 2.5 测序样本比对转录本的覆盖度评估结果 |
| 2.6 测序样本测序饱和度评估结果 |
| 2.7 测序样本基因表达定量结果 |
| 2.8 测序样本相关性 |
| 2.9 差异表达基因检测 |
| 2.10 差异表达基因GO功能分析结果 |
| 2.11 KEGG Pathway分类和富集 |
| 2.12 特殊基因筛选 |
| 2.13 PCR验证 |
| 3 讨论 |
| 3.1 健康组与患病组基因表达分析 |
| 3.2 病毒性心肌炎(Viral-myocarditis)信号通路与HLA-DRB5 基因 |
| 3.3 自身免疫性甲状腺疾病(Autoimmune thyroid disease)信号通路与HLA-DRB4基因 |
| 3.4 库欣综合征(Cushing syndrome)信号通路与NR4A1 基因 |
| 3.5 富含半胱氨酸蛋白(Cysteine-rich Protein2,CRIP2)基因 结论 参考文献 致谢 攻读博士期间发表的论文 |
（5）石刁柏DNA Fiber-FISH技术体系的建立及应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表(Abbreviation) |
| 1 前言 |
| 1.1 DNA Fiber荧光原位杂交 |
| 1.1.1 Fiber-FISH在植物遗传学的应用 |
| 1.2 石刁柏的研究现状 |
| 1.2.1 重复序列与植物性染色体的关系 |
| 1.2.2 石刁柏的性别及性染色体研究概况 |
| 1.3 研究目的及其意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 石刁柏DNA纤维的制备 |
| 2.2.2 石刁柏雄性Fosmid文库的构建 |
| 2.2.3 石刁柏中期染色体制备 |
| 2.2.4 石刁柏Fosmid文库单克隆中期染色体FISH |
| 2.2.5 石刁柏DNA Fiber-FISH |
| 2.2.6 基于DNA Fiber的石刁柏基因组甲基化分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 石刁柏DNA Fiber制备体系的建立 |
| 3.1.1 不同时期黄化苗对细胞核提取的影响 |
| 3.1.2 不同分离方法对细胞核浓度的影响 |
| 3.1.3 不同裂解时间对DNA Fiber制备质量的影响 |
| 3.1.4 不同拉伸方法对DNA Fiber制备质量的影响 |
| 3.1.5 不同载玻片对DNA Fiber制备质量的影响 |
| 3.2 石刁柏DNA Fiber-FISH的质量检测及应用 |
| 3.2.1 石刁柏不同Fosmid克隆Fiber-FISH定位 |
| 3.2.2 石刁柏基因组、45S rDNA和5S rDNA的 Fiber-FISH定位 |
| 3.2.3 基于DNA Fiber的石刁柏基因组甲基化的初步分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 DNA Fiber制备方法 |
| 4.2 Fiber-FISH杂交信号的特点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 致谢 |
（6）扇贝的染色体作图及系统进化分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 0 引言 |
| 1 双壳贝类基因组特征 |
| 2 双壳贝类基因组研究现状 |
| 2.1 分子标记的发展和连锁图谱的构建 |
| 2.2 双壳贝类基因组中的功能基因研究 |
| 2.3 双壳贝类的分子系统进化关系研究 |
| 3 双壳贝类的染色体研究现状 |
| 3.1 双壳贝类染色体的核型及带型研究 |
| 3.2 荧光原位杂交技术在双壳贝类染色体研究中的应用 |
| 4 海洋贝类的杂交育种研究 |
| 4.1 海洋贝类的杂交育种及杂种优势研究概况 |
| 4.2 海洋贝类的杂种鉴定及杂种优势分析 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 栉孔扇贝微卫星遗传图谱与染色体图谱的初步整合 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SSR 标记的 BAC 克隆筛选 |
| 2.2 探针的制备 |
| 2.3 SSR-BAC 克隆的 FISH 定位结果 |
| 2.4 同一连锁群的 SSR-BAC 克隆的 FISH 定位结果 |
| 2.5 微卫星图谱与染色体图谱的整合 |
| 3 讨论 |
| 3.1 微卫星标记的 BAC 文库筛选 |
| 3.2 遗传连锁图谱（Genetic linkage map）与物理图谱（Physical map）的整合 |
| 3.3 栉孔扇贝的染色体识别与图谱整合 |
| 第三章 栉孔扇贝染色体鉴别技术的建立 |
| 0 引言 |
| 第一节 栉孔扇贝染色体特异性探针的筛选 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因序列对 BAC 文库的筛选 |
| 2.2 含 gene 序列 BAC 克隆的 FISH 定位 |
| 2.3 随机选取 BAC 克隆的 FISH 定位 |
| 2.4 含重复序列 fosmid 克隆的 FISH 定位 |
| 2.5 含 gene 序列 fosmid 克隆的 FISH 定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 利用 fosmid 及 BAC 克隆进行栉孔扇贝染色体识别的可行性 |
| 3.2 fosmid 克隆和 BAC 克隆的 FISH 定位比较 |
| 第二节 栉孔扇贝分子标记染色体定位模式图的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 染色体特异性探针的制备 |
| 2.2 染色体的区分鉴定 |
| 2.3 染色体图谱的构建 |
| 2.4 染色体识别图式的建立 |
| 3 讨论 |
| 3.1 栉孔扇贝染色体的识别鉴定 |
| 3.2 栉孔扇贝的细胞遗传学图谱 |
| 3.3 染色体图谱构建尚需改善的方面及下一步的工作展望 |
| 第四章 扇贝的比较细胞遗传分析及系统发生关系研究 |
| 第一节 C0t-1 DNA 在栉孔扇贝、虾夷扇贝及海湾扇贝染色体上的比较定位研究 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 C0t-1 DNA 探针的制备 |
| 2.2 C0t-1 DNA 在三种扇贝染色体上的 FISH 定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 几种扇贝的亲缘关系 |
| 3.2 栉孔扇贝的 C0t-1 DNA 染色体带型 |
| 第二节 核糖体 DNA（5S rDNA 和 18S-28S rDNA）在华贵栉孔扇贝和紫扇贝染色体上的定位 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 18S-28S rDNA 和 5S rDNA 探针的制备 |
| 2.2 华贵栉孔扇贝和紫扇贝 18S-28S rDNA 的 FISH 定位 |
| 2.3 华贵栉孔扇贝和紫扇贝 5S rDNA 的 FISH 定位 |
| 2.4 18S-28S rDNA 和 5S rDNA 的双色 FISH |
| 3 讨论 |
| 第三节 基于核糖体转录间隔区（ITS）序列探讨扇贝属多个扇贝物种的系统发生关系 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 序列扩增及比对分析 |
| 2.2 遗传距离分析 |
| 2.3 系统进化分析 |
| 3 讨论 |
| 3.17 个测序扇贝物种 ITS 区域序列的遗传特性 |
| 3.22 1 个扇贝物种的 ITS 序列比较及系统进化关系 |
| 第五章 紫扇贝和海湾扇贝正反杂交子代的分子及细胞遗传学分析 |
| 0 引言 |
| 第一节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代幼虫的 GISH 分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 杂交子代的染色体构成 |
| 3.2 GISH 带型 |
| 第二节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代核糖体 ITS 及线粒体 16SrDNA 基因序列的遗传分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 ITS 序列的电泳检测 |
| 2.2 ITS 片段的序列分析 |
| 2.31 6S rDNA 片段的序列分析 |
| 3 讨论 |
| 第三节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代成体的遗传构成及遗传变异分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 AFLP 扩增带谱分析 |
| 2.2 SSR 扩增结果分析 |
| 2.3 遗传变异分析 |
| 2.4 遗传多样性分析 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 学术成果 |
（7）转1Dx5基因小麦后代遗传特性初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写及中文对照表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 小麦品质及其遗传改良途径 |
| 1.2 小麦麦谷蛋白研究概述 |
| 1.2.1 小麦麦谷蛋白组成 |
| 1.2.2 小麦麦谷蛋白的染色体定位 |
| 1.2.3 小麦麦谷蛋白与小麦面粉品质的关系 |
| 1.2.4 实验材料 |
| 1.3 转基因植物后代中非目的性状的变异 |
| 1.3.1 转基因植物后代非目的性状的多样性 |
| 1.3.2 转基因植株变异的原因 |
| 1.4 外源基因的整合及转基因植物遗传分析 |
| 1.4.1 外源基因在转基因植物中的整合 |
| 1.4.2 转基因植物遗传分析 |
| 1.5 基因染色体定位研究进展 |
| 1.5.1 基因在染色体上定位的研究概述 |
| 1.5.2 小麦染色体核型分析概述 |
| 1.5.3 荧光原位杂交 |
| 1.6 立题意义及内容 |
| 2 转基因小麦根尖细胞有丝分裂及染色体核型分析 |
| 2.1 材料与试剂 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 试剂及实验器皿 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 小麦根尖染色体制片技术 |
| 2.2.2 染色体核型分析标准 |
| 2.2.3 核型分析方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 酶解去壁低渗火焰干燥法制片过程中相关因子的研究 |
| 2.3.2 转基因小麦与其受体材料染色体各不同时期的形态特征 |
| 2.3.3 转基因小麦与其受体材料染色体核型分析结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 酶解去壁低渗火焰干燥法的优化 |
| 2.4.2 转基因小麦及其受体各时期形态特征分析 |
| 2.4.3 关于核型分析应用于本研究的讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 转 1DX5 基因小麦遗传特性的研究 |
| 3.1 材料与试剂 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 外源 1Dx5 基因在转基因小麦突变类型不同世代中的稳定性分析 |
| 3.2.2 SDS-PAGE 有效分离小麦 LMW-GS |
| 3.2.3 突变蛋白的质谱鉴定 |
| 3.2.4 转基因小麦突变类型不同世代中主要农艺性状的测定 |
| 3.2.5 转基因小麦不同突变类型根尖染色体制备与核型分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 转基因小麦不同突变类型后代的稳定性分析 |
| 3.3.2 转基因小麦不同突变类型及其与受体间 LMW-GS 分析 |
| 3.3.3 差异低分子量麦谷蛋白质谱鉴定 |
| 3.3.4 转基因小麦不同突变类型及其与受体间的主要农艺性状分析 |
| 3.3.5 转基因小麦不同突变类型及其受体间的染色体核型分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 外源基因在转基因小麦突变类型不同世代间的稳定性分析 |
| 3.4.2 转基因小麦不同突变类型及其与受体间低分子量麦谷蛋白差异 |
| 3.4.3 转基因小麦不同突变类型及其与受体间农艺性状差异 |
| 3.4.4 转基因小麦不同突变类型及其与受体间的染色体核型差异 |
| 3.4.5 产生非目的性状的原因 |
| 3.5 小结 |
| 4 1DX5 基因在小麦染色体中的初步定位分析 |
| 4.1 材料与试剂 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 染色体制备 |
| 4.2.2 探针制备 |
| 4.2.3 荧光原位杂交 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 FISH 结果 |
| 4.3.2 影响荧光原位杂交的因素 |
| 4.4 小结 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的论文 |
| 后记 |
（8）转基因动物检测方法的研究进展（论文提纲范文）
| 1 DNA水平的检测 |
| 1.1 PCR (polymerase chain reaction) 技术 |
| 1.2 Southern印迹杂交 (Southern blot) 检测 |
| 1.3 DNA拷贝数的检测 |
| 1.4 整合位点的检测 |
| 2 RNA水平的检测 |
| 3 翻译水平的检测 |
| 4 整体水平的观察 |
| 5 问题及展望 |
（9）异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 本文所用主要缩略词 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 荧光原位杂交技术 |
| 1 荧光原位杂交技术的产生与发展 |
| 2 荧光原位杂交技术 |
| 2.1 染色体原位杂交的靶DNA |
| 2.2 探针的类型 |
| 2.3 探针的制备 |
| 2.4 染色体原位杂交基本程序 |
| 2.5 荧光显微镜检测 |
| 第二章 FISH及其衍生技术在植物基因组研究中的应用 |
| 1 基于FISH的衍生技术介绍 |
| 1.1 DNA纤维FISH(DNA fiber-FISH) |
| 1.2 多彩色荧光原位杂交(M-FISH) |
| 1.3 基因组原位杂交(Genomic in situ hybridization,GISH) |
| 1.4 原位杂交显带技术(In situ hybridization banding.ISHB) |
| 1.5 引物原位DNA合成技术(Primed in situ DNA synthesis,PRINS) |
| 2 荧光原位杂交技术在植物学研究中的应用 |
| 2.1 植物染色体的有效识别及核型分析 |
| 2.2 异源染色质的鉴定 |
| 2.3 基因的物理定位 |
| 2.4 染色体物理图谱的构建及与遗传图谱的比较分析 |
| 3 BAC-FISH在棉花基因组研究中的应用 |
| 3.1 BAC-FISH技术介绍 |
| 3.2 BAC-FISH技术的优势 |
| 3.3 BAC-FISH在棉花基因组研究中的应用 |
| 第二篇 研究报告 |
| 第三章 四倍体棉花粗线期染色体荧光原位杂交技术体系的建立 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 SSR标记的确定及文库筛选 |
| 1.3 染色体制片 |
| 1.4 探针的标记 |
| 1.5 杂交液的配制 |
| 1.6 荧光原位杂交技术 |
| 1.7 拍照并检测信号 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 粗线期FISH染色体制片 |
| 2.2 棉花粗线期和有丝分裂中期染色体的FISH分辨率分析 |
| 2.3 棉花粗线期和有丝分裂中期染色体的FISH技术灵敏度分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱构建与比较分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 染色体制片 |
| 1.3 荧光原位杂交技术 |
| 1.4 拍照并检测信号 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱构建 |
| 2.2 陆地棉12A染色体的细胞遗传图谱 |
| 2.3 陆地棉12D染色体的细胞遗传图谱 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（10）荧光原位杂交技术在基因定位中的应用（论文提纲范文）
| 引言 |
| 1 荧光原位杂交技术的产生和基本过程 |
| 1.1 单拷贝基因的人类染色体定位 |
| 1.2 使用染色质和DNA纤维的高分辨率FISH定位 |
| 1.3 三维核FISH |
| 1.4 比较基因组杂交 |
| 1.5 多色FISH和光谱核型分析 |
| 2 荧光原位杂交技术的基本方法和优点 |
| 2.1 探针选择 |
| 2.2 探针标记 |
| 2.3 染色体原位杂交 |
| 2.4 荧光检测 |
| 2.5 荧光原位杂交技术的优点 |
| 3 荧光原位杂交技术在基因定位中的应用 |
| 3.1 在癌症方面上的应用 |
| 3.2 在转基因方面上的应用 |
| 3.3 在特殊功能基因上的应用 |
四、荧光原位杂交(FISH)技术在转基因小鼠检测中的应用（论文参考文献）
- [1]水稻高分辨率三维基因组结构与转录调控研究[D]. 曹志林. 华中农业大学, 2020(01)
- [2]NGS技术在转基因作物分子特征解析中的应用前景分析[D]. 马硕. 中国农业科学院, 2020(01)
- [3]巴西橡胶树遗传图谱第11号、13号和14号连锁群26个遗传标记的物理定位研究[D]. 陈秋惠. 海南大学, 2019
- [4]唐氏综合征现有筛查技术的分析及新标志基因的筛选[D]. 王晓华. 内蒙古大学, 2019(09)
- [5]石刁柏DNA Fiber-FISH技术体系的建立及应用[D]. 李莎. 河南师范大学, 2017(05)
- [6]扇贝的染色体作图及系统进化分析[D]. 胡丽萍. 中国海洋大学, 2013(01)
- [7]转1Dx5基因小麦后代遗传特性初步研究[D]. 张小娟. 新疆师范大学, 2013(07)
- [8]转基因动物检测方法的研究进展[J]. 杨继山,潘庆杰,董晓. 中国农业科技导报, 2010(03)
- [9]异源四倍体棉花12A、12D部分同源染色体高分辨率细胞遗传图谱的构建[D]. 杨再洁. 南京农业大学, 2010(08)
- [10]荧光原位杂交技术在基因定位中的应用[J]. 王智新. 生命科学仪器, 2009(09)